288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0986 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0986  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 
156 aa  319  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0474  rRNA large subunit methyltransferase  89.74 
 
 
156 aa  292  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0372612  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01218  rRNA large subunit methyltransferase  87.82 
 
 
156 aa  286  7e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004221  hypothetical protein  89.66 
 
 
145 aa  272  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000988168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1847  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
156 aa  266  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3020  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
156 aa  266  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2948  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
156 aa  266  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0113814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1093  rRNA large subunit methyltransferase  80.13 
 
 
156 aa  265  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1202  hypothetical protein  80.77 
 
 
156 aa  264  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00605  hypothetical protein  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2990  protein of unknown function DUF163  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000047133  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0688  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154252  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0662  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000637947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0725  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000708993  normal  0.106325 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0615  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000121913  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0656  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000108281  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00594  hypothetical protein  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000243444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3009  rRNA large subunit methyltransferase  82.69 
 
 
155 aa  263  5.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000239477  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1182  rRNA large subunit methyltransferase  80.13 
 
 
156 aa  263  7e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.159956  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3149  rRNA large subunit methyltransferase  80.13 
 
 
156 aa  263  7e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.788661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2963  rRNA large subunit methyltransferase  79.49 
 
 
156 aa  263  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0743  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
155 aa  261  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000786877  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0801  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
155 aa  261  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000227115  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0697  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
155 aa  261  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00566103  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0757  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
155 aa  261  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00922876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0683  rRNA large subunit methyltransferase  82.05 
 
 
155 aa  261  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000302367  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1171  rRNA large subunit methyltransferase  81.41 
 
 
155 aa  261  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.195021  normal  0.132715 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3707  rRNA large subunit methyltransferase  76.28 
 
 
156 aa  258  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000116859  decreased coverage  0.000000222893 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0856  rRNA large subunit methyltransferase  79.49 
 
 
156 aa  258  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000031317  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0322  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
155 aa  258  2e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.072258  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2587  rRNA large subunit methyltransferase  78.85 
 
 
156 aa  258  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000227435  normal  0.158924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0700  rRNA large subunit methyltransferase  78.21 
 
 
156 aa  258  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000637083  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2934  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  256  7e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178909  decreased coverage  0.00747753 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3316  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1093  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000256643  hitchhiker  0.000000000516486 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3452  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000535521  hitchhiker  0.00271543 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3148  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  254  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000132782  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3274  rRNA large subunit methyltransferase  76.92 
 
 
156 aa  254  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000453128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1169  rRNA large subunit methyltransferase  75.64 
 
 
156 aa  254  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0992  rRNA large subunit methyltransferase  75.64 
 
 
156 aa  254  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000354968  normal  0.0933085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0996  rRNA large subunit methyltransferase  75.64 
 
 
156 aa  254  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000270066  normal  0.150944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2868  rRNA large subunit methyltransferase  75.64 
 
 
156 aa  254  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000163704  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1057  rRNA large subunit methyltransferase  75.64 
 
 
156 aa  254  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000490967  hitchhiker  0.00601071 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3484  rRNA large subunit methyltransferase  76.28 
 
 
156 aa  253  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000336055  unclonable  0.0000000000393257 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1136  rRNA large subunit methyltransferase  72.44 
 
 
156 aa  249  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00404994  normal  0.955793 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1561  rRNA large subunit methyltransferase  70.51 
 
 
156 aa  247  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01658  rRNA large subunit methyltransferase  70.51 
 
 
156 aa  246  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000106355  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1716  rRNA large subunit methyltransferase  69.23 
 
 
156 aa  241  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.962175  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3799  rRNA large subunit methyltransferase  60 
 
 
155 aa  216  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4861  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 
155 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394825  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4808  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 
155 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.24458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0613  rRNA large subunit methyltransferase  60 
 
 
155 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4683  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 
155 aa  214  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4826  hypothetical protein  60.65 
 
 
155 aa  213  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.715352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4366  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 
155 aa  213  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712545  normal  0.959916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2414  hypothetical protein  59.35 
 
 
156 aa  211  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000142803  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1105  rRNA large subunit methyltransferase  58.71 
 
 
155 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4971  rRNA large subunit methyltransferase  59.35 
 
 
155 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2849  hypothetical protein  56.77 
 
 
155 aa  210  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.158377  hitchhiker  0.0000000861677 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12050  rRNA large subunit methyltransferase  58.06 
 
 
155 aa  208  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0613288  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0377  rRNA large subunit methyltransferase  57.42 
 
 
155 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1544  hypothetical protein  54.84 
 
 
155 aa  193  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00441553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08380  rRNA large subunit methyltransferase  60 
 
 
155 aa  192  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0699075  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2273  SPOUT methyltransferase superfamily protein  53.85 
 
 
156 aa  184  5e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.246773  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3342  rRNA large subunit methyltransferase  49.68 
 
 
155 aa  177  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000127948  normal  0.0166889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0406  hypothetical protein  52.9 
 
 
155 aa  176  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.57756  normal  0.24642 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01881  rRNA large subunit methyltransferase  52.26 
 
 
156 aa  173  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0790169  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1512  rRNA large subunit methyltransferase  49.68 
 
 
155 aa  171  5e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000386318  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2907  rRNA large subunit methyltransferase  50.97 
 
 
156 aa  169  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  48.39 
 
 
156 aa  163  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2659  hypothetical protein  46.45 
 
 
157 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0267321  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1884  rRNA large subunit methyltransferase  50.97 
 
 
157 aa  162  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.616736  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1807  rRNA large subunit methyltransferase  50.97 
 
 
157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  49.37 
 
 
159 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1331  rRNA large subunit methyltransferase  47.1 
 
 
156 aa  159  9e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1327  rRNA large subunit methyltransferase  47.1 
 
 
156 aa  159  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  49.68 
 
 
156 aa  158  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  158  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  49.03 
 
 
156 aa  156  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  155  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
156 aa  155  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  155  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1764  rRNA large subunit methyltransferase  48.12 
 
 
162 aa  155  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.190607 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  154  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
156 aa  154  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  154  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1948  rRNA large subunit methyltransferase  46.15 
 
 
156 aa  154  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
156 aa  154  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  49.03 
 
 
156 aa  154  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
156 aa  153  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
156 aa  153  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
156 aa  153  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1342  rRNA large subunit methyltransferase  46.15 
 
 
156 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>