More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4452 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
312 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
312 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  88.78 
 
 
311 aa  572  1e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.62 
 
 
336 aa  545  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.1 
 
 
313 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.44 
 
 
304 aa  405  1e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.62 
 
 
304 aa  370  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59 
 
 
304 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59 
 
 
304 aa  364  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58 
 
 
304 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.61 
 
 
304 aa  359  4e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.33 
 
 
304 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.33 
 
 
304 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.33 
 
 
304 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57.67 
 
 
304 aa  358  8e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57 
 
 
304 aa  354  9e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.8 
 
 
305 aa  353  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.81 
 
 
305 aa  347  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59.67 
 
 
304 aa  345  6e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.86 
 
 
308 aa  345  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56 
 
 
303 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.86 
 
 
303 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.52 
 
 
303 aa  342  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  56.86 
 
 
303 aa  341  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56 
 
 
303 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.38 
 
 
307 aa  339  3e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.67 
 
 
303 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.67 
 
 
303 aa  339  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54 
 
 
304 aa  337  1e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.36 
 
 
304 aa  336  3e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.04 
 
 
305 aa  335  6e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.37 
 
 
305 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.67 
 
 
303 aa  334  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.38 
 
 
303 aa  332  7e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  9.52381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.16 
 
 
303 aa  331  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.88 
 
 
303 aa  329  3e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54 
 
 
303 aa  328  6e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.16 
 
 
307 aa  321  8e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.82 
 
 
328 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.82 
 
 
303 aa  315  4e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.67 
 
 
303 aa  315  4e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.82 
 
 
303 aa  315  4e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.33 
 
 
303 aa  315  8e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.05 
 
 
301 aa  313  4e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.51 
 
 
301 aa  311  7e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.72 
 
 
301 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.02 
 
 
301 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.35 
 
 
301 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
301 aa  296  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.54 
 
 
301 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.81 
 
 
321 aa  226  5e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  40.67 
 
 
321 aa  212  6e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  42.03 
 
 
308 aa  209  5e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  43.2 
 
 
311 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  43.1 
 
 
301 aa  206  6e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.11 
 
 
326 aa  203  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.49 
 
 
301 aa  202  6e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  43.1 
 
 
301 aa  201  2e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.92 
 
 
330 aa  197  2e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.18 
 
 
313 aa  185  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.49 
 
 
301 aa  179  8e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.06 
 
 
300 aa  166  7e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40 
 
 
306 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
291 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  27.7 
 
 
298 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  34.02 
 
 
298 aa  115  7e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.33 
 
 
294 aa  114  2e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2883  dihydrodipicolinate synthase  27.36 
 
 
298 aa  114  2e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.399498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 
300 aa  113  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2635  dihydrodipicolinate synthase  27.21 
 
 
298 aa  113  4e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 
293 aa  112  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 
293 aa  112  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 
298 aa  112  8e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 
298 aa  112  8e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 
298 aa  112  8e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64796e-05 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0258  dihydrodipicolinate synthase  29.69 
 
 
293 aa  112  9e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2449  dihydrodipicolinate synthase  26.78 
 
 
298 aa  111  1e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  31.9 
 
 
290 aa  111  2e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.6647e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2592  dihydrodipicolinate synthase  26.69 
 
 
298 aa  111  2e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2844  dihydrodipicolinate synthase  26.78 
 
 
298 aa  110  2e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0557185  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  32.89 
 
 
300 aa  110  2e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  30.82 
 
 
291 aa  110  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
293 aa  110  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  28.83 
 
 
292 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  29.59 
 
 
291 aa  110  4e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  26.28 
 
 
297 aa  110  4e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  30.6 
 
 
296 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2557  dihydrodipicolinate synthase  26.69 
 
 
298 aa  109  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1370  dihydrodipicolinate synthase  30.1 
 
 
296 aa  108  9e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.702797  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  29.66 
 
 
292 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5604  dihydrodipicolinate synthase  27.55 
 
 
298 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  28.66 
 
 
313 aa  107  2e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  30.4 
 
 
297 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
296 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  33.02 
 
 
294 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
296 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.13 
 
 
301 aa  106  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  30.45 
 
 
309 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  29.78 
 
 
296 aa  105  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0722  dihydrodipicolinate synthase  26.87 
 
 
298 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>