278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3172 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
995 aa  2046  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  86.25 
 
 
1000 aa  1787  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  64.99 
 
 
984 aa  1336  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.55 
 
 
1020 aa  909  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.71 
 
 
1020 aa  910  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  95.3 
 
 
1000 aa  1970  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  78.94 
 
 
993 aa  1665  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.89 
 
 
984 aa  1338  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.51 
 
 
974 aa  465  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.67 
 
 
979 aa  451  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.86 
 
 
965 aa  444  1e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  4.14451e-05 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.55 
 
 
982 aa  431  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.74 
 
 
981 aa  429  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.2 
 
 
974 aa  422  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.41 
 
 
973 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  33.41 
 
 
973 aa  422  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.95 
 
 
1010 aa  411  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.52 
 
 
1020 aa  409  1e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.88 
 
 
965 aa  409  1e-112  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.95 
 
 
1012 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.59 
 
 
986 aa  400  1e-110  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.37 
 
 
975 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.16 
 
 
967 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.27 
 
 
967 aa  378  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.61 
 
 
986 aa  367  1e-100  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.36 
 
 
1059 aa  362  3e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.59 
 
 
1372 aa  361  4e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.07 
 
 
1345 aa  358  3e-97  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.97 
 
 
980 aa  355  3e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.92 
 
 
1031 aa  347  6e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.59 
 
 
982 aa  344  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  2.49551e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.55 
 
 
1042 aa  337  5e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  36.53 
 
 
1051 aa  337  6e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.8 
 
 
1042 aa  335  2e-90  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.43 
 
 
1028 aa  333  9e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.76 
 
 
980 aa  333  1e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.29 
 
 
1029 aa  331  4e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  28.49 
 
 
1033 aa  331  5e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.44 
 
 
1068 aa  330  1e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.89 
 
 
1044 aa  329  1e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  32.89 
 
 
1042 aa  328  3e-88  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.96 
 
 
1053 aa  328  4e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.04 
 
 
1044 aa  327  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.86 
 
 
1060 aa  327  7e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.25 
 
 
1022 aa  327  8e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.25 
 
 
1022 aa  327  8e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.49 
 
 
1044 aa  326  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.16 
 
 
1046 aa  325  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.08 
 
 
1006 aa  325  3e-87  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.38 
 
 
1072 aa  323  1e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.23 
 
 
1053 aa  322  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.6 
 
 
1003 aa  321  4e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.95 
 
 
1079 aa  321  4e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.4 
 
 
1003 aa  320  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1046 aa  318  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.59 
 
 
1067 aa  316  1e-84  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.54 
 
 
1035 aa  314  4e-84  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  31.86 
 
 
1210 aa  314  6e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.82 
 
 
1074 aa  313  1e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.14 
 
 
1032 aa  312  2e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.99 
 
 
1032 aa  310  1e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.34 
 
 
1070 aa  309  2e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.76 
 
 
1026 aa  308  2e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  28.96 
 
 
1069 aa  309  2e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.05 
 
 
1065 aa  307  6e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.28 
 
 
1034 aa  306  9e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.96 
 
 
1044 aa  306  1e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  27.45 
 
 
1179 aa  304  4e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.66 
 
 
1068 aa  301  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.38 
 
 
1029 aa  300  9e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.5 
 
 
1045 aa  300  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.2 
 
 
1042 aa  300  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  30.9 
 
 
1061 aa  299  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  31.62 
 
 
1040 aa  298  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.87 
 
 
1084 aa  298  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.94 
 
 
1028 aa  298  5e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.11 
 
 
1041 aa  295  2e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.57 
 
 
1067 aa  296  2e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.82 
 
 
1061 aa  295  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.75 
 
 
1084 aa  295  4e-78  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.26 
 
 
1052 aa  293  8e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.95 
 
 
855 aa  293  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.18 
 
 
1067 aa  293  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.5 
 
 
1111 aa  292  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.74 
 
 
1040 aa  291  6e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.05 
 
 
1046 aa  290  9e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.71 
 
 
1087 aa  288  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  2.12216e-12 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1108 aa  287  5e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1108 aa  287  5e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  32.43 
 
 
1061 aa  288  5e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.64 
 
 
1072 aa  287  6e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.79 
 
 
1074 aa  287  7e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.71 
 
 
1023 aa  286  2e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  29.16 
 
 
1076 aa  285  4e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.95 
 
 
1089 aa  284  7e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.61 
 
 
1085 aa  282  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.72 
 
 
1070 aa  280  9e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.47 
 
 
1030 aa  280  1e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.64 
 
 
1079 aa  279  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.94 
 
 
1077 aa  276  2e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>