38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0010 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0010  Fimbrial protein  100 
 
 		 319 aa  651    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0010  Fimbrial protein  92.48 
 
 		 319 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1343  Fimbrial protein  45.03 
 
 		 315 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.259111  normal  0.0328086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69760  putative fimbrial protein  37.32 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0511825  normal  0.411103 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4025  fimbrial protein  32.97 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.355446 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6650  fimbrial protein  32.03 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136296 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6640  fimbrial protein  28.76 
 
 		 318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0447531  hitchhiker  0.00000000139123 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3929  Fimbrial protein  36.02 
 
 		 222 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.19818 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3816  Fimbrial protein  36.02 
 
 		 222 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.351886 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0836  Fimbrial protein  34.23 
 
 		 298 aa  93.2  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.252785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0765  Fimbrial protein  33.33 
 
 		 209 aa  89.4  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.0127423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4253  fimbrial protein  29.76 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413623  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1678  fimbrial family protein  30.88 
 
 		 387 aa  87  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1789  fimbrial protein  30.88 
 
 		 387 aa  86.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00112621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3037  fimbrial protein  28.48 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.130146  normal  0.538691 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2030  type-1 fimbrial protein, A subunit  31.18 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2230  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.59 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2087  major fimbrial subunit protein  30.59 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1024  type-1 fimbrial protein, A subunit  30.59 
 
 		 204 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1150  putative fimbrial protein  24.05 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3295  fimbrial protein  29.48 
 
 		 336 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0139531 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2238  fimbrial protein  28.79 
 
 		 327 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.160036  decreased coverage  0.00460081 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5164  fimbrial protein  25.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.312284 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3297  fimbrial protein  28.67 
 
 		 329 aa  47  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0152009 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1675  fimbrial protein  29.17 
 
 		 180 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0767215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1786  fimbrial protein  29.17 
 
 		 180 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000129696  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2660  fimbrial protein  29.17 
 
 		 180 aa  46.6  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  hitchhiker  0.00614159 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5820  type-1 fimbrial protein homolog  27.03 
 
 		 182 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0060  fimbrial adhesin precursor  25.57 
 
 		 354 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.485498  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3393  fimbrial protein  28.57 
 
 		 176 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1454  fimbrial protein  24.83 
 
 		 360 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118343 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2234  fimbrial protein  25.35 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.22557  normal  0.0194534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1498  fimbrial protein  23.68 
 
 		 359 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0209  putative fimbrial subunit  23.31 
 
 		 177 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1052  fimbrial protein  28 
 
 		 345 aa  43.5  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0195347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4193  long polar fimbrial operon protein LpfA  27.78 
 
 		 190 aa  42.7  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4243  fimbrial protein  27.78 
 
 		 190 aa  42.7  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0050  fimbrial protein  25.25 
 
 		 354 aa  42.4  0.01  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>