269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1256 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 		 293 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  79.73 
 
 		 293 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  75.95 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  68.73 
 
 		 293 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  65.98 
 
 		 293 aa  393  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  65.19 
 
 		 293 aa  389  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.62 
 
 		 294 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  46.13 
 
 		 291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.16 
 
 		 292 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  47.62 
 
 		 285 aa  238  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  47.7 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  47.7 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  44.83 
 
 		 279 aa  221  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  47.72 
 
 		 276 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  47.33 
 
 		 283 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.16 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  52.51 
 
 		 277 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  42.86 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  42.86 
 
 		 284 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.92 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  42.09 
 
 		 279 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  37.86 
 
 		 287 aa  178  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  37.86 
 
 		 287 aa  178  8e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  39.57 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  39.66 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.52 
 
 		 273 aa  166  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  33.1 
 
 		 286 aa  159  4e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.52 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.55 
 
 		 248 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  39.69 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  37.19 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.07 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.32 
 
 		 255 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  34.18 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.78 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  38.46 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.89 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  34.89 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.4 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.57 
 
 		 238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  32.22 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  27.62 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  35.47 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.33 
 
 		 241 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  33.78 
 
 		 248 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.94 
 
 		 222 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  31.82 
 
 		 375 aa  102  8e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  32.03 
 
 		 438 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.67 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.47 
 
 		 334 aa  99  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  25.08 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  35 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.55 
 
 		 328 aa  90.1  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  30.1 
 
 		 352 aa  89.7  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  29.15 
 
 		 318 aa  89  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.37 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  29.08 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.2 
 
 		 373 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.18 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2873  hypothetical protein  31.25 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.86 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  30.07 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  28.94 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.73 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.49 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.93 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.62 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  27.27 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.85 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  28.95 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  29.79 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.28 
 
 		 320 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  30.69 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  29.47 
 
 		 315 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.31 
 
 		 354 aa  82.4  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  27.27 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  26.8 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  27.52 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  27.52 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.6 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  30.71 
 
 		 361 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  30.32 
 
 		 267 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.1 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  27.96 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  26.85 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.74 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.82 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.32 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5037  folate-binding protein YgfZ  28.43 
 
 		 369 aa  79  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0884  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.93 
 
 		 360 aa  79  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.233435  hitchhiker  0.00165742 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  31.95 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3572  folate-binding protein YgfZ  31.1 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0682209  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.08 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.9 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  27.76 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.92 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.18 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  27.03 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1638  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.03 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.246382  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>