252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4331 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
293 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  70.31 
 
 
293 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  69.62 
 
 
293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  68.73 
 
 
293 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  65.72 
 
 
293 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.57 
 
 
293 aa  371  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.16 
 
 
294 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  42.76 
 
 
291 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  43.58 
 
 
279 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.04 
 
 
292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  47.54 
 
 
284 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  47.18 
 
 
284 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  46.31 
 
 
285 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  47.18 
 
 
276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  43.77 
 
 
284 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  41.9 
 
 
279 aa  185  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  39.49 
 
 
287 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  42.7 
 
 
283 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  50.92 
 
 
277 aa  180  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  41.49 
 
 
284 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.94 
 
 
288 aa  175  9e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  37.46 
 
 
287 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  37.46 
 
 
287 aa  172  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  40.77 
 
 
261 aa  167  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.91 
 
 
316 aa  167  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.53 
 
 
286 aa  157  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.98 
 
 
282 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.69 
 
 
247 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  37.54 
 
 
293 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.49 
 
 
248 aa  147  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.13 
 
 
255 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.82 
 
 
273 aa  142  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.1 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  37.1 
 
 
255 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  35.84 
 
 
291 aa  137  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  31.02 
 
 
268 aa  137  3.0000000000000003e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.54 
 
 
238 aa  128  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.25 
 
 
312 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.31 
 
 
328 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  28.28 
 
 
278 aa  113  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  35.98 
 
 
275 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  36.62 
 
 
306 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.53 
 
 
241 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  26.99 
 
 
278 aa  109  6e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.89 
 
 
318 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.25 
 
 
334 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.62 
 
 
222 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  32.1 
 
 
438 aa  99.8  5e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  32.89 
 
 
248 aa  99.8  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.95 
 
 
373 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.3 
 
 
336 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  30.93 
 
 
321 aa  92  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.63 
 
 
322 aa  90.9  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  29.46 
 
 
320 aa  89.4  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  30.58 
 
 
308 aa  89.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.98 
 
 
318 aa  89.4  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.13 
 
 
354 aa  89  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.18 
 
 
320 aa  89  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  28.23 
 
 
320 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  27.7 
 
 
345 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  30.12 
 
 
348 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.03 
 
 
323 aa  87.4  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.65 
 
 
318 aa  86.3  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.12 
 
 
317 aa  86.7  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.8 
 
 
318 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  33.6 
 
 
316 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.91 
 
 
317 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.31 
 
 
320 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.31 
 
 
320 aa  85.9  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.77 
 
 
318 aa  85.9  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  27.06 
 
 
318 aa  85.9  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  31.68 
 
 
311 aa  85.9  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.68 
 
 
311 aa  85.9  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.76 
 
 
354 aa  85.5  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.19 
 
 
347 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
321 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.22 
 
 
344 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.06 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.85 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  26.02 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  28.69 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.91 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  31.5 
 
 
315 aa  82.4  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.42 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  26.92 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.92 
 
 
344 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5709  folate-binding protein YgfZ  29.37 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.07 
 
 
348 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  28.26 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  28.26 
 
 
258 aa  80.1  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.57 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.98 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  25.84 
 
 
310 aa  79.7  0.00000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.04 
 
 
313 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>