203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1754 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
277 aa  527  1e-149  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  78.62 
 
 
276 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  67.74 
 
 
285 aa  343  2e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  66.19 
 
 
284 aa  334  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  66.19 
 
 
284 aa  334  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  62.01 
 
 
283 aa  290  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  53 
 
 
293 aa  242  6e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.06 
 
 
293 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50 
 
 
294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.59 
 
 
293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  50.35 
 
 
293 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.84 
 
 
292 aa  232  6e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  49.65 
 
 
293 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.6 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.58 
 
 
288 aa  214  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.53 
 
 
282 aa  202  7e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  40.36 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  42.96 
 
 
287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  42.96 
 
 
287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  42.91 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  43.86 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  43.66 
 
 
284 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  43.88 
 
 
279 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  43.53 
 
 
279 aa  190  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  41.44 
 
 
293 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.53 
 
 
286 aa  177  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.11 
 
 
273 aa  169  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  43.32 
 
 
261 aa  161  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.47 
 
 
248 aa  158  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.28 
 
 
238 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.79 
 
 
316 aa  152  8e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.76 
 
 
255 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.08 
 
 
255 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  39.76 
 
 
255 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.7 
 
 
247 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  37.73 
 
 
291 aa  139  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.29 
 
 
241 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.84 
 
 
312 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  42.26 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  37.55 
 
 
306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  27.07 
 
 
278 aa  118  9e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  26.24 
 
 
278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  31.15 
 
 
268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  40.1 
 
 
248 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.82 
 
 
328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.8 
 
 
222 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  30.37 
 
 
438 aa  93.2  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  31.45 
 
 
375 aa  92.8  6e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  31.88 
 
 
315 aa  90.5  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.28 
 
 
354 aa  89.7  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.69 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  31.69 
 
 
348 aa  89  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.85 
 
 
344 aa  89  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.28 
 
 
348 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.67 
 
 
373 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.8 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.45 
 
 
344 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.05 
 
 
344 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  25.98 
 
 
310 aa  87  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  30.86 
 
 
349 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.45 
 
 
344 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.45 
 
 
344 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  27.54 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  31.67 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  30.96 
 
 
346 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  31.56 
 
 
345 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  29.69 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  34.17 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.65 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.03 
 
 
328 aa  82  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  30.13 
 
 
346 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  30.28 
 
 
313 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.81 
 
 
336 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.77 
 
 
334 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  29.41 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.27 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.44 
 
 
354 aa  79.3  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  30.32 
 
 
267 aa  79  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  29.93 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.72 
 
 
304 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  35.14 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2049  hypothetical protein  27.27 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.22 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.22 
 
 
317 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.61 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.59 
 
 
347 aa  77  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  31.2 
 
 
361 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  31.03 
 
 
313 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  25.23 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  27.2 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  29.36 
 
 
345 aa  75.5  0.0000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  32.02 
 
 
308 aa  75.5  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  29.51 
 
 
314 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.35 
 
 
325 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>