239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2940 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
312 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  48.46 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  50.17 
 
 
275 aa  189  7e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 
316 aa  159  8e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.86 
 
 
328 aa  153  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  33.33 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.69 
 
 
293 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  38.93 
 
 
293 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
238 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.56 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.86 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.14 
 
 
292 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  37.91 
 
 
285 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  38.52 
 
 
284 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  38.52 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.25 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.81 
 
 
248 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  34.05 
 
 
293 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.2 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  33.96 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  35.91 
 
 
261 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.98 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.57 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.91 
 
 
241 aa  123  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  37.89 
 
 
276 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  40.36 
 
 
248 aa  122  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  26.46 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.37 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  39.61 
 
 
255 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  38.67 
 
 
277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.13 
 
 
255 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  31.06 
 
 
284 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  31.44 
 
 
284 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.94 
 
 
222 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  34.31 
 
 
283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.08 
 
 
288 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  34.88 
 
 
306 aa  108  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.48 
 
 
282 aa  105  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  27.55 
 
 
287 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  31.65 
 
 
279 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  27.56 
 
 
278 aa  100  2e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  30.66 
 
 
287 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  30.66 
 
 
287 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  26.11 
 
 
278 aa  99.4  7e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.58 
 
 
348 aa  97.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  31.63 
 
 
319 aa  96.7  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.94 
 
 
334 aa  95.5  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  28.16 
 
 
438 aa  94.4  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.87 
 
 
354 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  31.8 
 
 
375 aa  92  1e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  25.11 
 
 
286 aa  92  1e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.69 
 
 
348 aa  90.9  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  31.13 
 
 
305 aa  90.5  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.22 
 
 
325 aa  89.7  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  28.23 
 
 
320 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  31.1 
 
 
313 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  29.66 
 
 
349 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.74 
 
 
313 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  31.05 
 
 
267 aa  86.3  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.62 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  31.2 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.04 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  30.04 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  30.65 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.93 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.21 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.99 
 
 
323 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.79 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.98 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  30.64 
 
 
348 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  32.4 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.99 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.79 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  28.53 
 
 
346 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.11 
 
 
344 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  28.67 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.68 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  29.93 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.18 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.45 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  31.69 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  32.1 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  30.25 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  28.95 
 
 
322 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3306  folate-binding protein YgfZ  26.71 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.8 
 
 
344 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.4 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.8 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  28.13 
 
 
346 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  31.37 
 
 
345 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  27 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  27 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.63 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>