252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1100 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
279 aa  553  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  58.42 
 
 
291 aa  335  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.97 
 
 
293 aa  231  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  43.31 
 
 
293 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.94 
 
 
293 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.97 
 
 
293 aa  227  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.07 
 
 
294 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.02 
 
 
293 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.84 
 
 
293 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  47.1 
 
 
284 aa  219  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  47.1 
 
 
284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  46.38 
 
 
285 aa  218  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44 
 
 
292 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  45.99 
 
 
283 aa  202  6e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  40.88 
 
 
284 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  41.67 
 
 
284 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  37.32 
 
 
287 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40.44 
 
 
279 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  42.18 
 
 
276 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  36.23 
 
 
287 aa  169  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  36.23 
 
 
287 aa  169  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.15 
 
 
316 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.59 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  32.72 
 
 
286 aa  158  1e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.79 
 
 
282 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  43.33 
 
 
277 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  38.98 
 
 
261 aa  152  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  33.89 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.58 
 
 
273 aa  139  7e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.21 
 
 
248 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  35.57 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  30.96 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.62 
 
 
328 aa  129  7.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.03 
 
 
312 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.7 
 
 
255 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.2 
 
 
247 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  34.5 
 
 
255 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.5 
 
 
255 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  29.1 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  34.29 
 
 
275 aa  119  7e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.02 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.62 
 
 
241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  36.61 
 
 
248 aa  112  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  34.44 
 
 
306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.04 
 
 
354 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  26.86 
 
 
278 aa  106  5e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.62 
 
 
222 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.84 
 
 
373 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  25.62 
 
 
438 aa  97.1  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.19 
 
 
334 aa  95.9  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.87 
 
 
336 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.52 
 
 
318 aa  92.8  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.06 
 
 
328 aa  92  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  30.27 
 
 
344 aa  91.3  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.31 
 
 
347 aa  90.1  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.13 
 
 
354 aa  90.1  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  27.36 
 
 
336 aa  89.7  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  27.47 
 
 
346 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  27.16 
 
 
346 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  31.54 
 
 
328 aa  85.5  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  30.3 
 
 
335 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  30.88 
 
 
316 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.34 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  29.92 
 
 
310 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.93 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.46 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.66 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  25.56 
 
 
346 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.19 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.19 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.2 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  28.34 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  31.12 
 
 
349 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  29.35 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  28.27 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  27.27 
 
 
345 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.72 
 
 
313 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  29.63 
 
 
348 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.75 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.1 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  30.22 
 
 
361 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  26.21 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.38 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  29.92 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  29.55 
 
 
304 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.26 
 
 
304 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.29 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  28.19 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  27.3 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  28.17 
 
 
313 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  25.61 
 
 
356 aa  73.2  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  26.1 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  28.27 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.12 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  29.49 
 
 
267 aa  72.4  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>