278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2375 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
294 aa  594  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.59 
 
 
293 aa  374  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.56 
 
 
293 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  60.62 
 
 
293 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.56 
 
 
293 aa  354  7.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.54 
 
 
293 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.16 
 
 
293 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  50.35 
 
 
284 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  50 
 
 
284 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  49.82 
 
 
285 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  44.04 
 
 
291 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.99 
 
 
292 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  46.01 
 
 
279 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  48.75 
 
 
276 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  44.53 
 
 
284 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  51.82 
 
 
277 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  45.42 
 
 
283 aa  191  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  43.43 
 
 
284 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  39.78 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  39.78 
 
 
287 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40.5 
 
 
279 aa  182  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.75 
 
 
288 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  38.81 
 
 
287 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
316 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  39.71 
 
 
293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.19 
 
 
282 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  32.76 
 
 
286 aa  161  1e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.61 
 
 
273 aa  159  5e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  40.15 
 
 
261 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.88 
 
 
248 aa  145  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.02 
 
 
238 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.7 
 
 
247 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.9 
 
 
328 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.43 
 
 
255 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  35.93 
 
 
291 aa  136  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.58 
 
 
255 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  35.07 
 
 
255 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  30.42 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.73 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  34.41 
 
 
275 aa  116  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  28.41 
 
 
278 aa  115  7.999999999999999e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  37.39 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  29.74 
 
 
278 aa  114  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.11 
 
 
222 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.32 
 
 
241 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.62 
 
 
347 aa  104  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  34.65 
 
 
248 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.97 
 
 
354 aa  95.5  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.87 
 
 
373 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.75 
 
 
318 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  29.96 
 
 
328 aa  89.4  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  27.45 
 
 
375 aa  88.6  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  30.65 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  30.79 
 
 
361 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  24.75 
 
 
310 aa  88.2  2e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.18 
 
 
334 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.06 
 
 
348 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  29.89 
 
 
308 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.74 
 
 
361 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  25.83 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  25.83 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  28.12 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.11 
 
 
320 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  32.27 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  26.52 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  27.04 
 
 
342 aa  82.4  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  29.88 
 
 
438 aa  81.6  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  32.49 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.15 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0919  LigA  30.98 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  28.75 
 
 
345 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.46 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 
322 aa  80.1  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  27.6 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0266  folate-binding protein YgfZ  29.23 
 
 
362 aa  79.7  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  hitchhiker  0.0098053 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  28.29 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  28.12 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.44 
 
 
344 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.68 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.05 
 
 
344 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  32.03 
 
 
310 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.69 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  29.84 
 
 
361 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.47 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.7 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.91 
 
 
336 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  27.8 
 
 
267 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  31.06 
 
 
349 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.47 
 
 
344 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  27.95 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.48 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.69 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>