249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4019 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
293 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  89.08 
 
 
293 aa  527  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  68.94 
 
 
293 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  67.24 
 
 
293 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  65.19 
 
 
293 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.57 
 
 
293 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.54 
 
 
294 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  49.66 
 
 
284 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  49.32 
 
 
284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  50.18 
 
 
285 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  44.65 
 
 
291 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  49.47 
 
 
276 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  43.97 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.48 
 
 
292 aa  220  3e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  48.04 
 
 
283 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  44.72 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  43.82 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  52.51 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  38.08 
 
 
287 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.61 
 
 
288 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  37.02 
 
 
287 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  37.02 
 
 
287 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40 
 
 
279 aa  172  6.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.48 
 
 
316 aa  171  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.94 
 
 
282 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.83 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  40.3 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  37.33 
 
 
293 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.92 
 
 
247 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  38.54 
 
 
291 aa  152  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.55 
 
 
273 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.33 
 
 
248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  30.48 
 
 
268 aa  145  6e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 
255 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.22 
 
 
238 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.77 
 
 
328 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.51 
 
 
312 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.04 
 
 
255 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  35.04 
 
 
255 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  27.37 
 
 
278 aa  132  6.999999999999999e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.31 
 
 
241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  36.84 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  28.47 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  36.32 
 
 
248 aa  119  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 
222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  35.86 
 
 
306 aa  100  3e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.94 
 
 
373 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.71 
 
 
334 aa  96.7  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.8 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.35 
 
 
336 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  29.18 
 
 
375 aa  93.2  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  30.15 
 
 
438 aa  87.8  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.14 
 
 
328 aa  85.9  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
322 aa  85.9  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.2 
 
 
354 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.7 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.04 
 
 
348 aa  83.2  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.33 
 
 
309 aa  82.4  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  29.37 
 
 
361 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.99 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  27.71 
 
 
316 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  32.32 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.67 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.95 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  28.57 
 
 
318 aa  79  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.02 
 
 
318 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.3 
 
 
344 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29 
 
 
344 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.87 
 
 
344 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  27.85 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  27.73 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  27.96 
 
 
336 aa  76.6  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.3 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.44 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  28.99 
 
 
657 aa  75.9  0.0000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.91 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  28.1 
 
 
267 aa  75.9  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  27.06 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  28.24 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  28.9 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  26.09 
 
 
320 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  22.67 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  26.29 
 
 
321 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  28.52 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  27.55 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.91 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.74 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.83 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  28.88 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.46 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  27.97 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  29.36 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  26.52 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  27.59 
 
 
349 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  26.27 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  26.27 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  29.41 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.65 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1254  folate-binding protein YgfZ  29.17 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>