219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2092 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  100 
 
 
261 aa  518  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.2 
 
 
247 aa  302  4.0000000000000003e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.8 
 
 
255 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.24 
 
 
248 aa  301  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  62.4 
 
 
255 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.89 
 
 
255 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  58.75 
 
 
238 aa  265  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.77 
 
 
293 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.69 
 
 
293 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.76 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.3 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.16 
 
 
293 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.98 
 
 
292 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.15 
 
 
294 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  43.18 
 
 
276 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.71 
 
 
316 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  39.18 
 
 
279 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  39.69 
 
 
293 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  39.68 
 
 
284 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  40.33 
 
 
284 aa  141  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  39.92 
 
 
284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  39.27 
 
 
284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  40.82 
 
 
285 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  40.65 
 
 
283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  34.68 
 
 
287 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  37.64 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  43.46 
 
 
277 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  36.18 
 
 
291 aa  133  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.66 
 
 
282 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.2 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  40.6 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40.33 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.8 
 
 
273 aa  128  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  37.36 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.47 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  29.34 
 
 
268 aa  126  5e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.15 
 
 
312 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  34.4 
 
 
287 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  34.4 
 
 
287 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.01 
 
 
222 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  31.58 
 
 
286 aa  122  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  27.72 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.21 
 
 
328 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  25.3 
 
 
278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.58 
 
 
354 aa  101  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  33.73 
 
 
316 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  37.97 
 
 
306 aa  100  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  38.27 
 
 
248 aa  99  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.57 
 
 
334 aa  93.6  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  29.84 
 
 
346 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  31.2 
 
 
304 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  29.07 
 
 
346 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  31.48 
 
 
304 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  32.71 
 
 
304 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.07 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.74 
 
 
347 aa  84  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.98 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.91 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  32.13 
 
 
311 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  29.56 
 
 
336 aa  80.5  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.13 
 
 
311 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  28.9 
 
 
349 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  27.57 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.75 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  27.57 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  35.81 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  31.8 
 
 
438 aa  75.5  0.0000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  23.57 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  32.16 
 
 
323 aa  75.5  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  29.55 
 
 
348 aa  75.1  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  32.11 
 
 
319 aa  74.7  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  26.01 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.31 
 
 
317 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.14 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  30.5 
 
 
348 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.02 
 
 
339 aa  72  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  28.83 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.9 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  28.9 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.64 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.75 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.32 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.24 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.92 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.92 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  23.61 
 
 
302 aa  68.9  0.00000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  28.52 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.38 
 
 
335 aa  68.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.29 
 
 
303 aa  68.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.67 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  27.1 
 
 
320 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.79 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  26.32 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.79 
 
 
318 aa  67  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>