229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1468 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  97.4 
 
 		 346 aa  691    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 		 346 aa  707    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  89.31 
 
 		 346 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  53.5 
 
 		 373 aa  322  7e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  54.05 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  51.63 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50.15 
 
 		 336 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  49.85 
 
 		 349 aa  295  5e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.79 
 
 		 344 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.95 
 
 		 344 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.47 
 
 		 344 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  52.27 
 
 		 345 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  51.79 
 
 		 310 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.29 
 
 		 344 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  51.61 
 
 		 344 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  49.7 
 
 		 361 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  49.7 
 
 		 357 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  47.1 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  47.59 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.04 
 
 		 348 aa  232  9e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  43.13 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.6 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.36 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  43.75 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  42.26 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.01 
 
 		 354 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.26 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.23 
 
 		 317 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.14 
 
 		 334 aa  202  8e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.83 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.73 
 
 		 339 aa  193  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.84 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.3 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.93 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  38.51 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.61 
 
 		 347 aa  186  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  37.77 
 
 		 345 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  37.2 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.82 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  32.5 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  32.5 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.82 
 
 		 318 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.58 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  31.78 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  35.62 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  33.66 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  32.72 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  33.99 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.82 
 
 		 315 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  31.43 
 
 		 313 aa  126  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.25 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  28.16 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  28.16 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.44 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  28.34 
 
 		 326 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  32.18 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  28.25 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  31.55 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  33.01 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.99 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  30.83 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  33.55 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  31.06 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  31.06 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  28.21 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  31.06 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  30.83 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  31.06 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.21 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  28.21 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  29.06 
 
 		 326 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  27.65 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  28.75 
 
 		 326 aa  113  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.76 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  29.49 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.21 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.22 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.65 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.74 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  29.13 
 
 		 322 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3306  folate-binding protein YgfZ  27.38 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.71 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  27.71 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  28.33 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3431  folate-binding protein YgfZ  27.3 
 
 		 326 aa  106  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0851  putative global regulator  27.84 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  30.17 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.79 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>