243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1238 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
293 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  85.67 
 
 
293 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  75.95 
 
 
293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  69.97 
 
 
293 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  68.94 
 
 
293 aa  411  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  69.62 
 
 
293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.59 
 
 
294 aa  374  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  45.23 
 
 
291 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  48.24 
 
 
292 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  47 
 
 
284 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  47 
 
 
284 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  45.58 
 
 
285 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  42.91 
 
 
279 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  47.54 
 
 
276 aa  208  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  46.26 
 
 
283 aa  198  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  51.6 
 
 
277 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.61 
 
 
288 aa  186  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  43.82 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  42.91 
 
 
284 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40.85 
 
 
279 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  38.57 
 
 
287 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  38.38 
 
 
287 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  38.38 
 
 
287 aa  169  6e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.08 
 
 
316 aa  162  9e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  42.16 
 
 
261 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.27 
 
 
286 aa  155  7e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  41.7 
 
 
291 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  37.59 
 
 
293 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.37 
 
 
282 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.64 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.84 
 
 
273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.04 
 
 
247 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.7 
 
 
255 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  39 
 
 
255 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  32.95 
 
 
268 aa  139  7.999999999999999e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.15 
 
 
238 aa  136  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  39.27 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.23 
 
 
328 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  29.93 
 
 
278 aa  129  7.000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.54 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  29.1 
 
 
278 aa  128  9.000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.71 
 
 
241 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  33.18 
 
 
248 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.22 
 
 
222 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.47 
 
 
334 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  35.81 
 
 
306 aa  105  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  31.01 
 
 
438 aa  102  6e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.93 
 
 
318 aa  99.8  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  29.13 
 
 
375 aa  97.1  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.97 
 
 
336 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.37 
 
 
373 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  32.2 
 
 
361 aa  87  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  28.46 
 
 
320 aa  86.3  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.67 
 
 
309 aa  85.9  8e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  27.63 
 
 
321 aa  85.5  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  27.63 
 
 
321 aa  85.5  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.51 
 
 
347 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.64 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  32.41 
 
 
316 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.83 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.8 
 
 
354 aa  84.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.8 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.41 
 
 
323 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.64 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  27.48 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.41 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.18 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  30.25 
 
 
267 aa  79.7  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  30.04 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  27.4 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  27.34 
 
 
336 aa  79.3  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.16 
 
 
328 aa  79  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.6 
 
 
318 aa  79  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
322 aa  79  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.69 
 
 
304 aa  79  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  29.71 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  27.56 
 
 
356 aa  77.4  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.51 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3008  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.09 
 
 
361 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.6459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  29.58 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  29.13 
 
 
342 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.78 
 
 
352 aa  77  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.58 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  29.17 
 
 
657 aa  75.9  0.0000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.6 
 
 
354 aa  75.9  0.0000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  28.79 
 
 
313 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  28.12 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0919  LigA  32.02 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321522  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.92 
 
 
322 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  22.77 
 
 
310 aa  74.3  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.57 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  28.05 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04980  folate-binding protein YgfZ  29.47 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.04 
 
 
325 aa  73.9  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.4 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.24 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.81 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  28.97 
 
 
304 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0444  folate-binding protein YgfZ  27.46 
 
 
389 aa  73.2  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.401201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>