251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2704 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
293 aa  587  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  89.08 
 
 
293 aa  527  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  69.97 
 
 
293 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  68.26 
 
 
293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  65.98 
 
 
293 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  65.72 
 
 
293 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.56 
 
 
294 aa  354  7.999999999999999e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  50.68 
 
 
284 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  50.34 
 
 
284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  50.88 
 
 
285 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  44.88 
 
 
291 aa  232  6e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  43.97 
 
 
279 aa  218  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.94 
 
 
292 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  49.47 
 
 
276 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  47.52 
 
 
283 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  43.97 
 
 
284 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  43.26 
 
 
284 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  38.43 
 
 
287 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  53.64 
 
 
277 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.97 
 
 
316 aa  180  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.59 
 
 
288 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  40.14 
 
 
279 aa  173  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  37.28 
 
 
287 aa  171  9e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  37.28 
 
 
287 aa  171  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  41.76 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.25 
 
 
247 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.88 
 
 
282 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.14 
 
 
286 aa  159  6e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  38.16 
 
 
293 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  40.07 
 
 
291 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.74 
 
 
273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.4 
 
 
248 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.83 
 
 
255 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.12 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.82 
 
 
238 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  31.23 
 
 
268 aa  138  1e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.29 
 
 
255 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  35.29 
 
 
255 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.74 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  28.77 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  36.44 
 
 
275 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  29.47 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.17 
 
 
241 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  35.11 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.33 
 
 
222 aa  112  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.15 
 
 
373 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  35.51 
 
 
306 aa  102  5e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.58 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.08 
 
 
334 aa  93.6  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  33.11 
 
 
316 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.97 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25 
 
 
336 aa  89  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  28.52 
 
 
375 aa  88.6  1e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.37 
 
 
354 aa  88.2  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  31.47 
 
 
438 aa  87.4  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  30.43 
 
 
361 aa  87  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.76 
 
 
347 aa  85.9  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.3 
 
 
344 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.33 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.62 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  27.59 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.75 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.21 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.83 
 
 
313 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.49 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  34.78 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  28.33 
 
 
345 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.89 
 
 
344 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  29.68 
 
 
336 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.79 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.97 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  28.75 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.33 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.36 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  28.12 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  28.25 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.67 
 
 
304 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.61 
 
 
317 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  26.99 
 
 
320 aa  79  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.71 
 
 
348 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  26.67 
 
 
356 aa  78.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.95 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  30.95 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.69 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  28.57 
 
 
352 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  26.58 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.84 
 
 
311 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  31.44 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  31.71 
 
 
348 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.07 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03590  folate-binding protein YgfZ  33.74 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.663588 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.96 
 
 
344 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  29.64 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>