254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0861 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  100 
 
 
318 aa  661    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  88.64 
 
 
318 aa  598  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  88.33 
 
 
318 aa  597  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  86.79 
 
 
318 aa  589  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  86.79 
 
 
318 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  82.5 
 
 
320 aa  563  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  82.19 
 
 
320 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  82.19 
 
 
320 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  81.88 
 
 
320 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  64.06 
 
 
320 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  66.36 
 
 
323 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  65.42 
 
 
320 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.55 
 
 
321 aa  433  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  61.68 
 
 
322 aa  423  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  62.07 
 
 
321 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.08 
 
 
318 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  38.76 
 
 
322 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3306  folate-binding protein YgfZ  41.3 
 
 
328 aa  219  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.14 
 
 
319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  37.46 
 
 
322 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  39.87 
 
 
330 aa  205  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  39.87 
 
 
330 aa  205  9e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  39.87 
 
 
330 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  37.65 
 
 
324 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.44 
 
 
325 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2049  hypothetical protein  36.13 
 
 
323 aa  202  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  37.58 
 
 
333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3431  folate-binding protein YgfZ  39.61 
 
 
326 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  38.59 
 
 
326 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  38.59 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  38.59 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  38.59 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  38.59 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  38.26 
 
 
326 aa  199  6e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  37.94 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  38.26 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  37.94 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  37.94 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  37.94 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  37.94 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  37.94 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  37.94 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  37.34 
 
 
330 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0851  putative global regulator  37.5 
 
 
333 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  37.66 
 
 
326 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  35.06 
 
 
318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1294  aminomethyl transferase  35.43 
 
 
277 aa  169  6e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.97 
 
 
348 aa  160  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0149  putative global regulator  30.07 
 
 
325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.423985  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.03 
 
 
354 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  34.63 
 
 
313 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  31.05 
 
 
354 aa  143  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  32.38 
 
 
314 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.19 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  33.98 
 
 
315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  34.84 
 
 
313 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  32.9 
 
 
313 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.52 
 
 
313 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.03 
 
 
334 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  34.97 
 
 
313 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  32.06 
 
 
315 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.84 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  32.7 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.67 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.15 
 
 
328 aa  132  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.65 
 
 
347 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.03 
 
 
317 aa  132  9e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  29.51 
 
 
311 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.51 
 
 
311 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  32.04 
 
 
314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  32.5 
 
 
323 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  30.69 
 
 
308 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.97 
 
 
344 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  28.88 
 
 
315 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.84 
 
 
344 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.56 
 
 
344 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.92 
 
 
339 aa  122  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.62 
 
 
317 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  31.56 
 
 
345 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  29.47 
 
 
348 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.07 
 
 
304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.43 
 
 
344 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  29.22 
 
 
319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  32.6 
 
 
258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  32.6 
 
 
258 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.23 
 
 
309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  32.47 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  29.78 
 
 
348 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.65 
 
 
318 aa  119  7.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  32.74 
 
 
361 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.33 
 
 
344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  31.62 
 
 
356 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 
322 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  30.74 
 
 
349 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>