220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1063 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  100 
 
 		 313 aa  634    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  86.9 
 
 		 313 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  86.58 
 
 		 313 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  86.26 
 
 		 313 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  71.88 
 
 		 313 aa  454  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  66.45 
 
 		 315 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  67.83 
 
 		 314 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  65.81 
 
 		 315 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  66.56 
 
 		 314 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  66.13 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  61.98 
 
 		 315 aa  361  8e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.31 
 
 		 354 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.74 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  37.95 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  36.84 
 
 		 345 aa  165  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  35.86 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  36.3 
 
 		 356 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  39.29 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.75 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.62 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  36.42 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  38.31 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.12 
 
 		 339 aa  149  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  35.33 
 
 		 361 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.25 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  33.33 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  38.24 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.24 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.87 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.21 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.57 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.99 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 		 320 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.67 
 
 		 373 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  32.79 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.2 
 
 		 336 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.25 
 
 		 325 aa  142  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0637  putative global regulator  34.34 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  33.55 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  37.78 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.58 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.41 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  32.9 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  34.53 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  33.97 
 
 		 357 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.66 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  33.64 
 
 		 345 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0851  putative global regulator  34.01 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.33 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  33.22 
 
 		 330 aa  138  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  33.22 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.76 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  33.22 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.55 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  31.37 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.08 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.63 
 
 		 318 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.08 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  32.7 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  33.65 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.75 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  33.02 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  32.91 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.51 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.02 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.48 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2049  hypothetical protein  32.69 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.97 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.08 
 
 		 348 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  35.65 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  34.08 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  34.53 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  32.7 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3031  putative global regulator  31.91 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  32.7 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  34.2 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  33.55 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  34.09 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  34.2 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  34.2 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3306  folate-binding protein YgfZ  33 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  33.44 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4190  putative global regulator  35.25 
 
 		 326 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0811  putative global regulator  31.37 
 
 		 326 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.535495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.87 
 
 		 318 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  31.91 
 
 		 326 aa  129  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  31.58 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  31.58 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3057  putative global regulator  31.58 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3225  putative global regulator  31.58 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02693  hypothetical protein  31.58 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.345451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>