227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2253 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 		 317 aa  647    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  62.7 
 
 		 308 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  64.52 
 
 		 311 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  64.84 
 
 		 311 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.89 
 
 		 317 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1003  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  63.43 
 
 		 303 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.82421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  60.06 
 
 		 304 aa  346  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3386  folate-binding protein YgfZ  61.46 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00306542  normal  0.164661 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  64 
 
 		 317 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  52.07 
 
 		 323 aa  285  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  47.25 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  46.58 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  46.93 
 
 		 361 aa  255  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  46.86 
 
 		 345 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  45.96 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.53 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.08 
 
 		 344 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.75 
 
 		 344 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  46.2 
 
 		 344 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  46.2 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.55 
 
 		 344 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  45.54 
 
 		 319 aa  245  6.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  46.45 
 
 		 349 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  40.61 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  40.91 
 
 		 346 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.01 
 
 		 373 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  40.24 
 
 		 346 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.22 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  39.74 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.36 
 
 		 348 aa  190  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.07 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.79 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.59 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  39.35 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.05 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.12 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.19 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  36.94 
 
 		 356 aa  156  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  35.92 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  37.22 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.25 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  36.19 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  34.81 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  33.22 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  33.22 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.62 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  36.45 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  35.92 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  33.88 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.47 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  32.03 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.76 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  35.69 
 
 		 314 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  31.95 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  31.09 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.03 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.03 
 
 		 320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.03 
 
 		 320 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.92 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.04 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.12 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.64 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.92 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.21 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.56 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  33.88 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  32.05 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  30.22 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.71 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.86 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.92 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.49 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.23 
 
 		 326 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.48 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  28 
 
 		 258 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1643  aminomethyltransferase family protein  28 
 
 		 258 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0969533  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  28.19 
 
 		 322 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.16 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  27.31 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  30.74 
 
 		 291 aa  99.8  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3316  putative global regulator  28.98 
 
 		 326 aa  99.4  8e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  30.77 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00606  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  30.84 
 
 		 268 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.34 
 
 		 325 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3385  putative global regulator  28.09 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3217  putative global regulator  27.76 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.499063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3280  putative global regulator  27.76 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3283  putative global regulator  27.76 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3205  putative global regulator  27.76 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  32.78 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02730  putative global regulator  28.48 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.302082  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0794  folate-binding protein YgfZ  28.48 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3319  putative global regulator  28.48 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>