223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2127 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
298 aa  590  1e-167  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0855  folate-binding protein YgfZ  41.16 
 
 
339 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22028  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0748  folate-binding protein YgfZ  36.61 
 
 
325 aa  142  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  29.11 
 
 
342 aa  93.2  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.96 
 
 
334 aa  92.4  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  30.51 
 
 
354 aa  91.3  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  32.89 
 
 
316 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0505  folate-binding protein YgfZ  37.45 
 
 
277 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  normal  0.803186 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  33.22 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  33.68 
 
 
304 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  35.68 
 
 
304 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.86 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  29.1 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.62 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  30.92 
 
 
284 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.18 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.39 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  29.68 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.73 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.51 
 
 
344 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.4 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  29.68 
 
 
305 aa  72.4  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  31.17 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.58 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.1 
 
 
344 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6184  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.48 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.08 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1895  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.48 
 
 
344 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  33.46 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  28.81 
 
 
361 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  30.48 
 
 
284 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.47 
 
 
293 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.83 
 
 
293 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0230  folate-binding protein YgfZ  29.55 
 
 
329 aa  68.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1918  folate-binding protein YgfZ  27.07 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.208988 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1379  folate-binding protein YgfZ  27.07 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3899  putative global regulator  28.88 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.79 
 
 
293 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  29.69 
 
 
276 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2521  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.54 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0149913  hitchhiker  0.00318223 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.22 
 
 
354 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  26.62 
 
 
279 aa  64.3  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.24 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3840  putative global regulator  28.81 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.891151 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.66 
 
 
320 aa  64.3  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0875  putative global regulator  28.81 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  29.82 
 
 
261 aa  64.3  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  29.5 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0872  putative global regulator  28.81 
 
 
330 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  29.33 
 
 
291 aa  63.5  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  25.84 
 
 
357 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.45 
 
 
321 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4132  putative aminomethyltransferase  23.81 
 
 
324 aa  63.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.510492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.46 
 
 
248 aa  63.2  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.55 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  27.43 
 
 
348 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  27.4 
 
 
335 aa  63.2  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.19 
 
 
273 aa  62.8  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0313  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.27 
 
 
369 aa  62.8  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  29.66 
 
 
336 aa  62.4  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.48 
 
 
313 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  35.77 
 
 
283 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.4 
 
 
315 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  31.97 
 
 
314 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  30.38 
 
 
313 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  26.92 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  31.14 
 
 
313 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  28.48 
 
 
313 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.23 
 
 
373 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1651  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.2 
 
 
327 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.411538 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.9 
 
 
312 aa  60.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  28.76 
 
 
348 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  23.89 
 
 
287 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  27.12 
 
 
313 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  27.31 
 
 
321 aa  59.7  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  27.31 
 
 
321 aa  59.7  0.00000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0376  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.42 
 
 
369 aa  59.7  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0332  folate-binding protein YgfZ  25.61 
 
 
386 aa  58.9  0.00000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.97102  normal  0.0439096 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0240  hypothetical protein  25.11 
 
 
356 aa  58.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  24.16 
 
 
349 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00606  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.46 
 
 
268 aa  58.9  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  24.05 
 
 
267 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.41 
 
 
322 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2871  folate-binding protein YgfZ  26.8 
 
 
326 aa  58.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5037  folate-binding protein YgfZ  28.72 
 
 
369 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5709  folate-binding protein YgfZ  26.13 
 
 
344 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.08 
 
 
317 aa  57.4  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  25.26 
 
 
284 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.6 
 
 
318 aa  57.4  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  25.26 
 
 
284 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.14 
 
 
288 aa  57  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  25.74 
 
 
287 aa  56.2  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  25.74 
 
 
287 aa  56.2  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.89 
 
 
336 aa  56.2  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>