103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0230 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0230  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 		 329 aa  683    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2780  glycine cleavage T-protein barrel  30.66 
 
 		 316 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.369075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3708  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.03 
 
 		 324 aa  83.6  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106413 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  28.47 
 
 		 304 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  27.8 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  27.15 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3533  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.1 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2547  folate-binding protein YgfZ  26.11 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2127  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.55 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2628  glycine cleavage T protein, aminomethyl transferase  29.18 
 
 		 342 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.509615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1989  folate-binding protein YgfZ  25.25 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.36576 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0855  folate-binding protein YgfZ  27.72 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  26.84 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1254  folate-binding protein YgfZ  26.51 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4696  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.43 
 
 		 349 aa  63.5  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.77868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  25.58 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2871  folate-binding protein YgfZ  24.83 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0063  folate-binding protein YgfZ  25.26 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0061  folate-binding protein YgfZ  25.26 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000369449  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  26.58 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.58 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4536  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.32 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.935602  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4623  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  24.32 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4919  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  24.32 
 
 		 356 aa  60.1  0.00000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0505  folate-binding protein YgfZ  30.14 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  normal  0.803186 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1651  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.56 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.411538 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0173  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.36 
 
 		 309 aa  57  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1085  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000414438  hitchhiker  0.0000000121971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  26.52 
 
 		 320 aa  55.8  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0748  folate-binding protein YgfZ  23.86 
 
 		 325 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2873  hypothetical protein  25.5 
 
 		 343 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  26.18 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0881  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.1 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  26.52 
 
 		 314 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0313  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.76 
 
 		 369 aa  53.9  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.82 
 
 		 322 aa  52.8  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0968  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.22 
 
 		 336 aa  53.1  0.000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.776071  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  26.88 
 
 		 313 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.21 
 
 		 320 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  24.54 
 
 		 320 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  31.45 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.39 
 
 		 318 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.21 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3028  folate-binding protein YgfZ  33.01 
 
 		 379 aa  50.8  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  24.07 
 
 		 318 aa  50.8  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.39 
 
 		 324 aa  50.4  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  31.48 
 
 		 315 aa  50.4  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8240  folate-binding protein YgfZ  33.01 
 
 		 335 aa  50.4  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.496327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.38 
 
 		 320 aa  50.1  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.05 
 
 		 352 aa  50.1  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3415  folate-binding protein YgfZ  34.07 
 
 		 396 aa  50.1  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3450  glycine cleavage T-protein barrel  25.21 
 
 		 327 aa  49.7  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0834766  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2199  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.04 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  30.7 
 
 		 346 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5037  folate-binding protein YgfZ  21.6 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  30.39 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.49 
 
 		 348 aa  48.1  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.11 
 
 		 318 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  27.05 
 
 		 328 aa  48.1  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4173  folate-binding protein YgfZ  28.29 
 
 		 336 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0376  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.05 
 
 		 369 aa  47.4  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3692  folate-binding protein YgfZ  31.71 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0180331  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4625  folate-binding protein YgfZ  22.45 
 
 		 368 aa  47.8  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.43 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5109  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.54 
 
 		 361 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.80079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.27 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2719  folate-binding protein YgfZ  23.94 
 
 		 361 aa  47  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239345 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  29.82 
 
 		 346 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0952  folate-binding protein YgfZ  23.55 
 
 		 389 aa  47  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03001  GcvT-like aminomethyltransferase  25.22 
 
 		 278 aa  46.6  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0602305  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1937  folate-binding protein YgfZ  31.37 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.37 
 
 		 320 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3572  folate-binding protein YgfZ  23.19 
 
 		 349 aa  46.6  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0682209  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  28.85 
 
 		 346 aa  46.2  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  21.98 
 
 		 349 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1164  folate-binding protein YgfZ  28.23 
 
 		 302 aa  46.2  0.0009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000602813  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0954  glycine cleavage T-protein-like  39.02 
 
 		 344 aa  45.4  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.436358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.64 
 
 		 348 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.19 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  22.26 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1638  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.63 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.246382  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0480  folate-binding protein YgfZ  26.26 
 
 		 352 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0149  putative global regulator  22.08 
 
 		 325 aa  44.7  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.423985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3160  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.48 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00213  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  34.45 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.89 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.05 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6837  folate-binding protein YgfZ  21.62 
 
 		 364 aa  45.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4342  folate-binding protein YgfZ  28.1 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.964763  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.39 
 
 		 315 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 322 aa  43.9  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  22.48 
 
 		 321 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  22.48 
 
 		 321 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17390  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  23.93 
 
 		 398 aa  43.5  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  47.22 
 
 		 344 aa  43.9  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  31.43 
 
 		 348 aa  43.5  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  29.13 
 
 		 361 aa  43.5  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  23.72 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3948  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.73 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.828839  normal  0.672374 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5709  folate-binding protein YgfZ  24.38 
 
 		 344 aa  43.1  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>