50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4420 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4420  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 118 aa  238  2.9999999999999997e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478946  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0706  DNA polymerase beta subunit  50 
 
 		 119 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2571  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 126 aa  88.2  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.373399  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0515  DNA polymerase beta domain protein region  39.09 
 
 		 108 aa  83.6  9e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0793119  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0317  DNA polymerase beta domain protein region  32.74 
 
 		 121 aa  83.2  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3062  DNA polymerase, beta-like region  39.17 
 
 		 155 aa  82.4  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0086  DNA polymerase beta subunit  38.61 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.109385  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0500  DNA polymerase beta domain protein region  32.48 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3226  DNA polymerase beta subunit  34.48 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.082492 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3919  DNA polymerase beta subunit  39.08 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.935838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0041  DNA polymerase beta domain protein region  39.08 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  42 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1450  DNA polymerase beta subunit  45.45 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374866 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1691  DNA polymerase beta subunit  38.24 
 
 		 130 aa  50.4  0.000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000100624  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  35.71 
 
 		 121 aa  50.1  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2746  DNA polymerase beta domain protein region  38.54 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0576  DNA polymerase beta subunit  33.66 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.28507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3922  DNA polymerase beta subunit  36.08 
 
 		 117 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0657046 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  42.86 
 
 		 1294 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1020  DNA polymerase beta subunit  37.63 
 
 		 106 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1920  DNA polymerase beta subunit  41.03 
 
 		 116 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000388354 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3070  DNA polymerase, beta-like region  45.1 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.531751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4035  DNA polymerase beta domain protein region  29.13 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0365  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.200117 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1866  DNA polymerase beta domain protein region  36.25 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0170  DNA polymerase beta subunit  30 
 
 		 95 aa  45.1  0.0004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4127  hypothetical protein  37.21 
 
 		 191 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000129079 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  39.19 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  35.37 
 
 		 115 aa  44.3  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0988  DNA polymerase beta subunit  36.67 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0677901 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2595  hypothetical protein  32.43 
 
 		 310 aa  43.5  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  34.02 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1133  DNA polymerase beta subunit  45.65 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0500  DNA polymerase beta subunit  28.85 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000767476  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1577  DNA polymerase, beta-like region  51.61 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000241752  normal  0.133279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0468  DNA polymerase beta domain protein region  34.74 
 
 		 304 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.651395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0007  DNA polymerase beta subunit  39.19 
 
 		 209 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0606  DNA polymerase beta domain protein region  27.55 
 
 		 105 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000675523 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1067  DNA polymerase beta subunit  27.88 
 
 		 108 aa  41.6  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.485724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0574  DNA polymerase beta subunit  32.69 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.412375  normal  0.178688 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0251  DNA polymerase beta subunit  29.52 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0736042  normal  0.344396 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2515  hypothetical protein  31.31 
 
 		 308 aa  41.6  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  63.33 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2347  DNA polymerase beta subunit  35.05 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.048778  normal  0.250853 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1359  nucleotidyltransferase, putative  25 
 
 		 134 aa  40.4  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1686  DNA polymerase beta subunit  32.47 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.0000153026  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1405  hypothetical protein  24.77 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.11002 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2300  nucleotidyltransferase  32 
 
 		 221 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  4.72384e-16 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  40.26 
 
 		 936 aa  40.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>