237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3539 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



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Plasmid clonability

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Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0424  PII uridylyl-transferase  46.99 
 
 
941 aa  759    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0144  PII uridylyl-transferase  47.19 
 
 
934 aa  819    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0045  PII uridylyl-transferase  47.6 
 
 
968 aa  784    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0414  PII uridylyl-transferase  47.43 
 
 
928 aa  800    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.394312  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0133  PII uridylyl-transferase  49.05 
 
 
925 aa  767    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.633689  normal  0.494173 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1811  PII uridylyl-transferase  42.72 
 
 
930 aa  716    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0382  PII uridylyl-transferase  47.84 
 
 
928 aa  802    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.267202 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0335  PII uridylyl-transferase  47.38 
 
 
928 aa  802    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.636952  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3539  PII uridylyl-transferase  100 
 
 
936 aa  1890    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2799  PII uridylyl-transferase  44.25 
 
 
937 aa  724    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0032  PII uridylyl-transferase  48.52 
 
 
932 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.968292  normal  0.957944 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0682  PII uridylyl-transferase  47.89 
 
 
912 aa  811    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0897  PII uridylyl-transferase  41.19 
 
 
914 aa  677    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.88473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0342  PII uridylyl-transferase  46.22 
 
 
931 aa  796    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52528  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3127  PII uridylyl-transferase  44.3 
 
 
953 aa  726    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3602  PII uridylyl-transferase  51.69 
 
 
931 aa  889    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0116  PII uridylyl-transferase  47.13 
 
 
933 aa  804    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0226  PII uridylyl-transferase  48.08 
 
 
931 aa  792    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.952956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0446  PII uridylyl-transferase  42.95 
 
 
893 aa  704    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2787  PII uridylyl-transferase  50.94 
 
 
935 aa  849    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.565994  normal  0.190561 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0139  PII uridylyl-transferase  47.46 
 
 
934 aa  818    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0157  PII uridylyl-transferase  48 
 
 
934 aa  831    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4033  PII uridylyl-transferase  48.66 
 
 
912 aa  787    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.23625  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2833  PII uridylyl-transferase  41.13 
 
 
943 aa  696    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.141519  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0030  PII uridylyl-transferase  47.47 
 
 
968 aa  773    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.892083 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0300  PII uridylyl-transferase  44.18 
 
 
989 aa  699    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.940535  normal  0.172702 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0469  PII uridylyl-transferase  42.48 
 
 
930 aa  725    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0882544 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3956  PII uridylyl-transferase  42.93 
 
 
936 aa  701    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.619091  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0009  PII uridylyl-transferase  43.55 
 
 
941 aa  662    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0914  PII uridylyl-transferase  48.26 
 
 
938 aa  785    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1147  PII uridylyl-transferase  47.16 
 
 
1029 aa  777    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2185  PII uridylyl-transferase  46.71 
 
 
936 aa  770    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00224079  normal  0.664857 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0031  PII uridylyl-transferase  48.19 
 
 
949 aa  798    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000404003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3543  PII uridylyl-transferase  47.1 
 
 
935 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.654766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0284  PII uridylyl-transferase  46.23 
 
 
969 aa  785    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.610069  normal  0.0372398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0594  PII uridylyl-transferase  47.85 
 
 
933 aa  794    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0458  PII uridylyl-transferase  42.72 
 
 
930 aa  716    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0418586  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7648  PII uridylyl-transferase  49.15 
 
 
931 aa  817    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285774 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1411  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  38.97 
 
 
924 aa  617  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3022  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  39.37 
 
 
936 aa  547  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1426  UTP-GlnB (protein PII) uridylyltransferase, GlnD  35.56 
 
 
899 aa  527  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.918297  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2333  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  36.76 
 
 
894 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1820  protein-P-II uridylyltransferase, putative  36.57 
 
 
902 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.074397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1877  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  37.99 
 
 
894 aa  511  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2384  metal dependent phosphohydrolase  35.48 
 
 
898 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1512  protein-P-II uridylyltransferase  34.5 
 
 
906 aa  479  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1343  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.83 
 
 
905 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2766  (protein-PII) uridylyltransferase  50.43 
 
 
487 aa  463  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.66342  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2691  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.11 
 
 
900 aa  462  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.79049  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1157  (Protein-PII) uridylyltransferase  34.04 
 
 
899 aa  446  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2164  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.08 
 
 
930 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.191815  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2112  metal dependent phosphohydrolase  34.95 
 
 
927 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0838808  normal  0.131108 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1499  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.79 
 
 
893 aa  440  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.179178  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1692  metal dependent phosphohydrolase  34.52 
 
 
930 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.427674  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2253  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  34.49 
 
 
930 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4084  PII uridylyl-transferase  32.56 
 
 
900 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.822232 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1865  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.04 
 
 
894 aa  429  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1589  PII uridylyl-transferase  32.07 
 
 
900 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.590557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1532  [protein-pII] uridylyltransferase  32.49 
 
 
898 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0806  protein-P-II uridylyltransferase  32.49 
 
 
892 aa  426  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.389764  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39010  PII uridylyl-transferase  31.71 
 
 
899 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17040  PII uridylyl-transferase  32.34 
 
 
900 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4188  PII uridylyl-transferase  32.24 
 
 
900 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445496  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1144  PII uridylyl-transferase  31.95 
 
 
900 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206269  normal  0.972072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1481  PII uridylyl-transferase  32.1 
 
 
900 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.918327  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2983  PII uridylyl-transferase  34.59 
 
 
890 aa  422  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1532  PII uridylyl-transferase  32.16 
 
 
856 aa  419  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0731964  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3792  PII uridylyl-transferase  33.56 
 
 
892 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.991129  hitchhiker  0.000938474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3055  PII uridylyl-transferase  31.89 
 
 
899 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460023  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1099  PII uridylyl-transferase  31.72 
 
 
900 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30098  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2602  PII uridylyl-transferase  30.66 
 
 
900 aa  416  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3436  UTP-GlnB uridylyltransferase, GlnD  33.66 
 
 
890 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1739  PII uridylyl-transferase  32.71 
 
 
852 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0783  PII uridylyl-transferase  34.65 
 
 
850 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.483078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00165  PII uridylyl-transferase  33.66 
 
 
890 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0565  protein-P-II uridylyltransferase  33.18 
 
 
877 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.184337  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3493  PII uridylyl-transferase  33.66 
 
 
890 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.761936  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1341  PII uridylyl-transferase  32.3 
 
 
898 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0169  PII uridylyl-transferase  33.54 
 
 
890 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0159  PII uridylyl-transferase  33.54 
 
 
890 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0691765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3167  PII uridylyl-transferase  32.95 
 
 
893 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3437  PII uridylyl-transferase  32.57 
 
 
893 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0561  PII uridylyl-transferase  32.54 
 
 
891 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.113275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1011  PII uridylyl-transferase  32.57 
 
 
893 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0177  PII uridylyl-transferase  33.54 
 
 
890 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00164  hypothetical protein  33.66 
 
 
890 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.920413  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1853  PII uridylyl-transferase  32.49 
 
 
881 aa  409  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1064  PII uridylyl-transferase  32.57 
 
 
912 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0939  PII uridylyl-transferase  33.09 
 
 
904 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119925  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1270  metal dependent phosphohydrolase  31.13 
 
 
897 aa  405  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.439382 
 
 
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NC_011353  ECH74115_0175  PII uridylyl-transferase  33.42 
 
 
890 aa  405  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0452861  normal 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_0170  PII uridylyl-transferase  33.42 
 
 
890 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.751876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1468  metal dependent phosphohydrolase  32.99 
 
 
889 aa  405  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010622  Bphy_1340  PII uridylyl-transferase  34.14 
 
 
859 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490148  normal  0.451762 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1679  PII uridylyl-transferase  34.22 
 
 
859 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894657  normal  0.0862944 
 
 
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NC_010681  Bphyt_2457  PII uridylyl-transferase  34.09 
 
 
859 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100241  hitchhiker  0.00205013 
 
 
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NC_009783  VIBHAR_03239  PII uridylyl-transferase  31.93 
 
 
874 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013421  Pecwa_3362  PII uridylyl-transferase  33.09 
 
 
903 aa  402  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_002744  [Protein-PII] uridylyltransferase  31.82 
 
 
874 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_1255  PII uridylyl-transferase  33.5 
 
 
858 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0751944  normal 
 
 
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