More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2316 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  60.56 
 
 
714 aa  769  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3499  helicase c2  54.51 
 
 
724 aa  690  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.285018  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  66.32 
 
 
685 aa  895  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  55.62 
 
 
658 aa  669  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3242  helicase c2  58.1 
 
 
740 aa  750  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  55.16 
 
 
666 aa  675  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  63.81 
 
 
668 aa  863  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  100 
 
 
670 aa  1347  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2617  helicase c2  66.27 
 
 
668 aa  855  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1900  helicase c2  53.34 
 
 
688 aa  622  1e-177  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1828  helicase c2  52.76 
 
 
688 aa  615  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.147958  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  44.26 
 
 
713 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  43.11 
 
 
743 aa  510  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  43.32 
 
 
725 aa  503  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  43.28 
 
 
725 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  42.63 
 
 
754 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  42.36 
 
 
658 aa  479  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6284  helicase c2  41.38 
 
 
749 aa  469  1e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.27054  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5096  helicase c2  41.92 
 
 
748 aa  470  1e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.334397 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1795  helicase c2  41.38 
 
 
749 aa  469  1e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  43.8 
 
 
643 aa  469  1e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  41.96 
 
 
755 aa  468  1e-130  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  40.63 
 
 
751 aa  466  1e-130  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  42 
 
 
646 aa  468  1e-130  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2336  ATP-dependent helicase, putative  41.77 
 
 
752 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2170  putative ATP-dependent helicase  41.92 
 
 
752 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.779886  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  40.5 
 
 
755 aa  464  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  2.63353e-10 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  43.45 
 
 
757 aa  465  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  3.48035e-07 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1326  ATP-dependent helicase, putative  41.77 
 
 
752 aa  462  1e-128  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0729389  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1819  helicase c2  40.85 
 
 
749 aa  462  1e-128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.414686 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1086  putative ATP-dependent helicase  41.77 
 
 
752 aa  462  1e-128  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00956322  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1815  putative ATP-dependent helicase  41.77 
 
 
752 aa  462  1e-128  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0081  putative ATP-dependent helicase  41.77 
 
 
752 aa  462  1e-128  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892999  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  43.18 
 
 
653 aa  458  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.19 
 
 
641 aa  455  1e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  39.61 
 
 
646 aa  447  1e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  40.37 
 
 
640 aa  439  1e-122  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  39.34 
 
 
639 aa  439  1e-122  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  40.09 
 
 
707 aa  440  1e-122  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  38.31 
 
 
640 aa  439  1e-122  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  38.05 
 
 
647 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  38.52 
 
 
651 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  38.89 
 
 
636 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  38.89 
 
 
636 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  38.89 
 
 
636 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  38.89 
 
 
636 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  38.89 
 
 
636 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  41.52 
 
 
651 aa  435  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  38.51 
 
 
636 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  38.51 
 
 
636 aa  434  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  38.36 
 
 
636 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  37.35 
 
 
646 aa  429  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  40.94 
 
 
641 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  40.94 
 
 
641 aa  431  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  38.36 
 
 
636 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  36.93 
 
 
644 aa  426  1e-118  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  40.16 
 
 
636 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  39.56 
 
 
634 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  39.81 
 
 
634 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  40.44 
 
 
634 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  39.81 
 
 
634 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  38.38 
 
 
668 aa  423  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  39.87 
 
 
639 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  41.79 
 
 
649 aa  422  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  39.12 
 
 
639 aa  420  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  39.66 
 
 
649 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  39.56 
 
 
639 aa  416  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  37.37 
 
 
652 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  37.07 
 
 
652 aa  407  1e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  36.08 
 
 
662 aa  405  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  41.52 
 
 
645 aa  402  1e-110  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  37.22 
 
 
641 aa  399  1e-110  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  36.47 
 
 
640 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  37.35 
 
 
659 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  36.45 
 
 
641 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  35.92 
 
 
640 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  36.07 
 
 
669 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  39.2 
 
 
629 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  38.79 
 
 
665 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  38.96 
 
 
675 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  35.8 
 
 
636 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  36.28 
 
 
669 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  36.27 
 
 
674 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  36.76 
 
 
645 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  39.4 
 
 
681 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  36.47 
 
 
633 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  36.86 
 
 
659 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  37.16 
 
 
641 aa  391  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  41.06 
 
 
664 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  36.87 
 
 
664 aa  389  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  39.88 
 
 
649 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  36.73 
 
 
644 aa  378  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  35.79 
 
 
660 aa  369  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  39.38 
 
 
675 aa  372  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  39.23 
 
 
675 aa  372  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>