More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0984 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
313 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
317 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  60 
 
 
317 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  48.08 
 
 
314 aa  294  1e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
315 aa  288  9e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 
313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.44 
 
 
313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.93 
 
 
313 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
313 aa  278  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
313 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.51 
 
 
314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 
313 aa  272  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
313 aa  271  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.95 
 
 
313 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.59 
 
 
313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
313 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 
317 aa  267  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 
313 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.47 
 
 
313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
315 aa  264  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.63 
 
 
313 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
312 aa  263  3e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
314 aa  263  4e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
308 aa  262  4.999999999999999e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  44.66 
 
 
313 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
322 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
322 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
322 aa  261  8.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.58 
 
 
334 aa  260  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
315 aa  260  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 
318 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
315 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  43.41 
 
 
321 aa  258  7e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
314 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
309 aa  258  1e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  46.6 
 
 
311 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
308 aa  256  2e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.63 
 
 
313 aa  256  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
315 aa  256  3e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
311 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.94 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  42.94 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
315 aa  256  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.04 
 
 
336 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.66 
 
 
316 aa  255  6e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  42.64 
 
 
336 aa  255  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.44 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
332 aa  253  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
336 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
336 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  42.34 
 
 
336 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  42.34 
 
 
336 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  42.34 
 
 
336 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.24 
 
 
336 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  42.34 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.14 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  42.04 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
313 aa  250  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  42.34 
 
 
336 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.14 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.12 
 
 
337 aa  250  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  42.04 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
315 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  41.14 
 
 
336 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
326 aa  249  4e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.467018  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
313 aa  249  5e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
316 aa  249  5e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  248  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.35 
 
 
306 aa  248  9e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.84 
 
 
336 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  43.13 
 
 
306 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  43.13 
 
 
306 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.59 
 
 
314 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  42.64 
 
 
336 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  43.13 
 
 
306 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.13 
 
 
306 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  41.21 
 
 
316 aa  246  3e-64  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
315 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 
306 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
323 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
313 aa  245  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.38 
 
 
315 aa  245  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.03 
 
 
306 aa  245  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
340 aa  245  8e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>