More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0001 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  85.68 
 
 		 475 aa  825    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  94.92 
 
 		 472 aa  906    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  88.58 
 
 		 473 aa  858    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 472 aa  965    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  84.42 
 
 		 475 aa  818    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  85.26 
 
 		 475 aa  811    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  92.39 
 
 		 472 aa  875    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  60.63 
 
 		 498 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  60.29 
 
 		 501 aa  561  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  60.25 
 
 		 510 aa  559  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  0.0000000244231  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  59.46 
 
 		 501 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  59.46 
 
 		 501 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  57.72 
 
 		 506 aa  551  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  0.0000000143408 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  57.91 
 
 		 506 aa  550  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  60.59 
 
 		 494 aa  548  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  61.52 
 
 		 499 aa  543  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  48.74 
 
 		 479 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  51.77 
 
 		 516 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  51.44 
 
 		 516 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  51.03 
 
 		 481 aa  445  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  0.0000132312 
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  48.18 
 
 		 496 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  48.74 
 
 		 519 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  unclonable  1.2245600000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  49.48 
 
 		 524 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  48.18 
 
 		 496 aa  436  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0000869739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  49.07 
 
 		 520 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.0000273847  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  48.93 
 
 		 524 aa  429  1e-119  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000504678  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  46.24 
 
 		 482 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  43.93 
 
 		 460 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  42.61 
 
 		 460 aa  391  1e-107  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.4 
 
 		 477 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  42.7 
 
 		 452 aa  390  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  43.67 
 
 		 509 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  42.7 
 
 		 464 aa  387  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  43.66 
 
 		 448 aa  388  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  41.72 
 
 		 470 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  44.57 
 
 		 461 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  43.91 
 
 		 455 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  43.91 
 
 		 455 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  40.78 
 
 		 475 aa  362  8e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  41.77 
 
 		 477 aa  358  9e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.96 
 
 		 474 aa  346  5e-94  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.89 
 
 		 482 aa  345  8e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000460391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  40.12 
 
 		 498 aa  315  9.999999999999999e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  36.48 
 
 		 446 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  35.65 
 
 		 450 aa  310  4e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 		 446 aa  309  8e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  36.15 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.15 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  35.94 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  40.13 
 
 		 487 aa  308  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  35.58 
 
 		 446 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  34.94 
 
 		 450 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  37.26 
 
 		 452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.33 
 
 		 454 aa  302  7.000000000000001e-81  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.94 
 
 		 446 aa  302  9e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  35.23 
 
 		 451 aa  299  8e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  35.22 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  35.22 
 
 		 453 aa  298  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  36.38 
 
 		 452 aa  297  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  36.38 
 
 		 452 aa  297  3e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  36.88 
 
 		 451 aa  297  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  37.66 
 
 		 451 aa  296  7e-79  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  37.66 
 
 		 451 aa  296  7e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  34.75 
 
 		 436 aa  295  8e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.7 
 
 		 453 aa  293  4e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  35.36 
 
 		 459 aa  291  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  35.44 
 
 		 441 aa  290  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  34.04 
 
 		 449 aa  289  7e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.17 
 
 		 469 aa  289  8e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  36.92 
 
 		 449 aa  289  9e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  35.19 
 
 		 443 aa  288  1e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  37.26 
 
 		 455 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.05 
 
 		 463 aa  288  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 462 aa  286  7e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  33.4 
 
 		 457 aa  286  8e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  35.85 
 
 		 465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  33.83 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  36 
 
 		 459 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.39 
 
 		 449 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  36.29 
 
 		 467 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  35.38 
 
 		 460 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.38 
 
 		 460 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  35.17 
 
 		 461 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.06 
 
 		 461 aa  282  8.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.33 
 
 		 462 aa  282  8.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  34.62 
 
 		 442 aa  282  8.000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  35.38 
 
 		 460 aa  282  9e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  35.61 
 
 		 461 aa  282  9e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  36.29 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.29 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  35.55 
 
 		 445 aa  281  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.69 
 
 		 446 aa  282  1e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  37.01 
 
 		 478 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  36.29 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  36.29 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  36.29 
 
 		 467 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>