More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0975 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 
310 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  93.96 
 
 
298 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  72.58 
 
 
311 aa  469  1e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  72.26 
 
 
311 aa  468  1e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  76.17 
 
 
299 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  60.54 
 
 
303 aa  378  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  62.21 
 
 
300 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  62.54 
 
 
300 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  62.21 
 
 
300 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  59.87 
 
 
307 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  58.53 
 
 
310 aa  353  2e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  63.21 
 
 
300 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  63.21 
 
 
300 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  58.48 
 
 
309 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  60.55 
 
 
309 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  55.7 
 
 
308 aa  318  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  54.76 
 
 
301 aa  318  6e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  58.98 
 
 
302 aa  311  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  52.68 
 
 
302 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  58.7 
 
 
313 aa  310  3e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  52.01 
 
 
302 aa  308  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  48.82 
 
 
305 aa  283  3e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  47.96 
 
 
310 aa  279  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  46.49 
 
 
301 aa  265  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  37.42 
 
 
346 aa  195  9e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  38.28 
 
 
304 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  37.99 
 
 
297 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  41.08 
 
 
305 aa  156  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  36.27 
 
 
308 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  35.08 
 
 
307 aa  110  2e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  33.33 
 
 
316 aa  99.8  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  29.49 
 
 
311 aa  96.3  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  31.16 
 
 
800 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  28.71 
 
 
295 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  29.72 
 
 
302 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  26.6 
 
 
807 aa  85.5  1e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  30.79 
 
 
315 aa  84.7  2e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  27.99 
 
 
313 aa  80.1  5e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  30.62 
 
 
818 aa  78.6  1e-13  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  27.09 
 
 
804 aa  79  1e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  29.32 
 
 
311 aa  76.6  5e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  29.08 
 
 
578 aa  75.9  9e-13  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  29.78 
 
 
312 aa  75.1  1e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  30.54 
 
 
816 aa  75.1  1e-12  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  4.03798e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  28.67 
 
 
288 aa  74.7  2e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1524  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.89 
 
 
615 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  26.56 
 
 
325 aa  75.1  2e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  27.81 
 
 
303 aa  73.9  3e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.42 
 
 
616 aa  73.9  3e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0266464  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1305  homocysteine methyltransferase  27.36 
 
 
314 aa  73.9  4e-12  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.343801  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.32 
 
 
617 aa  73.2  5e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  25.16 
 
 
605 aa  73.2  5e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  28.75 
 
 
325 aa  73.2  5e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  28.8 
 
 
841 aa  73.2  6e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1670  homocysteine S-methyltransferase family protein  24.83 
 
 
279 aa  72.8  8e-12  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.17 
 
 
609 aa  72.8  8e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0839  homocysteine S-methyltransferase  26.51 
 
 
285 aa  72.4  9e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  30.1 
 
 
287 aa  71.6  1e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  26.4 
 
 
310 aa  72.4  1e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  3.41653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  26.32 
 
 
1215 aa  70.9  2e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  24.83 
 
 
791 aa  71.2  2e-11  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  28.43 
 
 
803 aa  71.2  2e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1406  homocysteine S-methyltransferase, putative  23.73 
 
 
279 aa  70.9  2e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  26.23 
 
 
1223 aa  70.1  4e-11  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  27.48 
 
 
806 aa  70.1  4e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  25.85 
 
 
774 aa  70.1  4e-11  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4577  homocysteine methyltransferase  29.03 
 
 
320 aa  70.1  5e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  26.96 
 
 
813 aa  69.3  7e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  26.21 
 
 
804 aa  69.3  7e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2437  methionine synthase (B12-dependent)  27.73 
 
 
352 aa  69.3  8e-11  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1268  homocysteine S-methyltransferase  25.87 
 
 
320 aa  68.6  1e-10  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.897971 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0118  methionine synthase (B12-dependent)  25.62 
 
 
351 aa  68.2  2e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  26.48 
 
 
319 aa  68.2  2e-10  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0657  methionine synthase  26.43 
 
 
1238 aa  67.4  3e-10  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0324  homocysteine S-methyltransferase  25.49 
 
 
413 aa  67.4  3e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  26.76 
 
 
434 aa  67  3e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  2.68518e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  28.43 
 
 
811 aa  67.4  3e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4240  methionine synthase (B12-dependent)  27.22 
 
 
359 aa  66.6  5e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.826519  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  22.15 
 
 
780 aa  66.2  6e-10  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2881  methionine synthase  28.66 
 
 
1168 aa  66.2  7e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0934972 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  24.92 
 
 
1212 aa  65.9  8e-10  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  29.56 
 
 
804 aa  65.1  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  26.5 
 
 
310 aa  65.1  1e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2302  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  27.51 
 
 
355 aa  65.5  1e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2916  methionine synthase  27.51 
 
 
355 aa  65.5  1e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142976  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2931  homocysteine S-methyltransferase  27.51 
 
 
355 aa  65.5  1e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0295  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.91 
 
 
346 aa  64.7  2e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  24.67 
 
 
629 aa  65.1  2e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  25.94 
 
 
290 aa  64.3  2e-09  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0149  homocysteine S-methyltransferase  26.15 
 
 
346 aa  64.3  2e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.637039 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0477  homocysteine S-methyltransferase  26.11 
 
 
356 aa  64.7  2e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0783224 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1508  homocysteine S-methyltransferase  25.59 
 
 
334 aa  64.7  2e-09  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0626  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  27.36 
 
 
599 aa  63.9  3e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.490063  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3951  B12-dependent methionine synthase  25.6 
 
 
1227 aa  63.9  3e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.360627  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2433  methionine synthase  27.08 
 
 
1236 aa  64.3  3e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  26.2 
 
 
1169 aa  63.9  3e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  28.72 
 
 
820 aa  63.9  3e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  1.58862e-05 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0358  homocysteine S-methyltransferase, putative  27.43 
 
 
358 aa  63.9  4e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1583  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  26.58 
 
 
637 aa  63.9  4e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  26.05 
 
 
1227 aa  63.2  5e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.145544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>