86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1621 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 183 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  96.72 
 
 		 183 aa  366  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  96.72 
 
 		 183 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  94.44 
 
 		 181 aa  348  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  77.65 
 
 		 180 aa  288  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  72.07 
 
 		 181 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  70.95 
 
 		 180 aa  276  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  72.63 
 
 		 182 aa  262  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  71.27 
 
 		 183 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  71.27 
 
 		 183 aa  261  6e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  70.06 
 
 		 185 aa  255  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0286  exonuclease  43.43 
 
 		 192 aa  138  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.887668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1246  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.78 
 
 		 279 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0403  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.33 
 
 		 201 aa  124  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2846  exonuclease  41.24 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0199  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.2 
 
 		 227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4730  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.3 
 
 		 181 aa  101  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0819226  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0198  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.26 
 
 		 178 aa  97.4  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1896  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.26 
 
 		 196 aa  90.1  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5536  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 		 188 aa  88.6  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.794333  normal  0.986186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1602  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.56 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.038144  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2192  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.78 
 
 		 186 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.9 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2950  sporulation inhibitor KapD  30.86 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  29.63 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3013  sporulation inhibitor KapD  27.49 
 
 		 206 aa  61.6  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3556  exonuclease  28.95 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000521125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5142  sporulation inhibitor KapD  28.11 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5021  sporulation inhibitor KapD  28.11 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4780  sporulation inhibitor KapD  28.11 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4642  sporulation inhibitor KapD  28.11 
 
 		 207 aa  57.8  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4732  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  57  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  28.95 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5054  sporulation inhibitor KapD  28.02 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5049  sporulation inhibitor KapD  28.02 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  29.21 
 
 		 273 aa  57  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  28.95 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  28.95 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  28.95 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02516  hypothetical protein  30.23 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  28.57 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4620  sporulation inhibitor KapD  27.57 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5042  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0192  sporulation inhibitor KapD  27.03 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01810  conserved hypothetical protein  38.71 
 
 		 602 aa  54.7  0.0000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  26.34 
 
 		 281 aa  54.7  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3646  exonuclease  28.02 
 
 		 281 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000220885  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003555  hypothetical protein  29.07 
 
 		 176 aa  52.4  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.014978  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3521  sporulation inhibitor KapD  26.49 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  29.93 
 
 		 242 aa  52  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0992  hypothetical protein  29.82 
 
 		 176 aa  51.6  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2121  exonuclease family protein  23.03 
 
 		 300 aa  48.9  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2409  exonuclease family protein  23.03 
 
 		 300 aa  48.9  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.16874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  39.76 
 
 		 560 aa  48.5  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.46 
 
 		 195 aa  48.1  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 		 952 aa  48.1  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 		 229 aa  48.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  26.92 
 
 		 1367 aa  47  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1027  DNA polymerase III subunit epsilon  26.97 
 
 		 254 aa  46.6  0.0002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.512461  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  30.29 
 
 		 601 aa  47  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  26.92 
 
 		 1367 aa  47  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0863  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 		 265 aa  46.2  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  24.02 
 
 		 266 aa  45.8  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 239 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0502  DNA polymerase III subunit epsilon  34.52 
 
 		 233 aa  44.7  0.0007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1823  putative exonuclease  28.76 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000276682  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 		 212 aa  44.7  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  29.71 
 
 		 584 aa  43.9  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 		 1362 aa  43.5  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  37.97 
 
 		 797 aa  43.5  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 		 934 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 		 934 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.17 
 
 		 921 aa  42.4  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  39.77 
 
 		 235 aa  42.7  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 		 715 aa  42.7  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81488  Asparagine-rich protein (ARP protein)  23.4 
 
 		 460 aa  42.4  0.004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.771675  normal  0.0322455 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0768  DNA polymerase III subunit epsilon  26.29 
 
 		 262 aa  42.4  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.6  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.6  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.2  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.2  0.009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  41.2  0.009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.89 
 
 		 934 aa  40.8  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>