More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0592 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  100 
 
 
368 aa  731  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  99.18 
 
 
368 aa  723  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  96.74 
 
 
368 aa  686  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.14 
 
 
370 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0935  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  75.41 
 
 
370 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  74.86 
 
 
370 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.2 
 
 
370 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.2 
 
 
370 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  60.05 
 
 
371 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  57.65 
 
 
370 aa  416  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  58.7 
 
 
371 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.95 
 
 
371 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.95 
 
 
371 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5138  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.13 
 
 
371 aa  388  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.184434  normal  0.586519 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1748  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.13 
 
 
371 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.572248  normal  0.0590997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1775  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  59.13 
 
 
371 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2405  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  51.23 
 
 
369 aa  342  7e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3501  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.98 
 
 
374 aa  333  3e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0571139 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.86 
 
 
372 aa  325  6e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  49.18 
 
 
367 aa  325  9e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0119  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  45.84 
 
 
380 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.156608 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.89 
 
 
372 aa  323  3e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1600  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  48.53 
 
 
371 aa  320  3e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  47.43 
 
 
370 aa  311  9e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1087  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  40.11 
 
 
389 aa  252  7e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.607916  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2228  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.68 
 
 
440 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  30.8 
 
 
284 aa  116  7e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4115  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.2 
 
 
443 aa  112  8e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  31.15 
 
 
296 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  32.47 
 
 
312 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0536  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.24 
 
 
398 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.13712  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  26.88 
 
 
277 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2308  alpha/beta fold family hydrolase  27.31 
 
 
283 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1108  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
246 aa  101  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00367251  hitchhiker  0.00365287 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0475  alpha/beta hydrolase fold protein  30.4 
 
 
290 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  32.68 
 
 
315 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0345  dihydrolipoamide acetyltransferase  46.39 
 
 
450 aa  99  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  32.48 
 
 
290 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  31.3 
 
 
316 aa  95.5  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  30.91 
 
 
298 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 
291 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 
291 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 
291 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  29.8 
 
 
284 aa  94  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  28.95 
 
 
298 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  8.57461e-06 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4726  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
279 aa  93.6  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5043  alpha/beta fold family hydrolase  28.74 
 
 
279 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4614  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
279 aa  92.8  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  30.3 
 
 
289 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5136  alpha/beta fold family hydrolase  28.57 
 
 
279 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2696  alpha/beta hydrolase fold  28.25 
 
 
291 aa  92.8  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  decreased coverage  0.00208278 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4774  alpha/beta fold family hydrolase  28.57 
 
 
279 aa  92  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4636  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
279 aa  92  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5048  hydrolase, alpha/beta fold family  28.57 
 
 
279 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5015  hydrolase, alpha/beta fold family  28.57 
 
 
279 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  29.49 
 
 
283 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  28.2 
 
 
260 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  32.23 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  28.2 
 
 
260 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  29.39 
 
 
309 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  29.15 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  30.26 
 
 
271 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  28.68 
 
 
289 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5036  hydrolase, alpha/beta fold family  28.57 
 
 
279 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0537  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  27.64 
 
 
292 aa  90.9  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.169084  normal  0.40861 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
289 aa  90.5  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1226  alpha/beta hydrolase fold protein  27.37 
 
 
292 aa  90.1  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00330311  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  29.46 
 
 
340 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  30.15 
 
 
302 aa  89.4  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1026  dehydrogenase catalytic domain-containing protein  42.86 
 
 
450 aa  89.7  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.138637  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0829  alpha/beta hydrolase fold  26.14 
 
 
290 aa  89.7  8e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.41609  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  30.86 
 
 
276 aa  89.4  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  28.68 
 
 
340 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1002  alpha/beta hydrolase fold  31.48 
 
 
280 aa  89  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  31.32 
 
 
288 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  29.53 
 
 
315 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1299  dihydrolipoamide acetyltransferase, putative  26.35 
 
 
288 aa  89  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2956  Alpha/beta hydrolase  33.33 
 
 
275 aa  89.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419373  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  29.17 
 
 
293 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  30.38 
 
 
267 aa  89  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  28.68 
 
 
312 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0392  alpha/beta hydrolase fold  26.38 
 
 
273 aa  89.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0693  alpha/beta hydrolase fold  30.61 
 
 
258 aa  89.4  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  31.06 
 
 
286 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  28.11 
 
 
288 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2542  alpha/beta hydrolase fold protein  28.35 
 
 
310 aa  88.6  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.106613  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  29.03 
 
 
277 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0806  alpha/beta hydrolase fold  26.74 
 
 
279 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0845651 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  30.92 
 
 
299 aa  88.6  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1941  alpha/beta hydrolase fold  26.87 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0494053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  27.65 
 
 
262 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
288 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  28.11 
 
 
293 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1811  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  25.69 
 
 
263 aa  87.4  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00537081  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0493  alpha/beta hydrolase fold  26.49 
 
 
290 aa  87.8  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.5355  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
288 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.11 
 
 
293 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>