280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4748 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  100 
 
 
447 aa  928    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  66.07 
 
 
474 aa  615  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  65.77 
 
 
491 aa  613  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  63.24 
 
 
472 aa  555  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  63.24 
 
 
472 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  63.24 
 
 
472 aa  552  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  63.01 
 
 
472 aa  551  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  63.24 
 
 
472 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  63.24 
 
 
472 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  63.01 
 
 
472 aa  552  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  61.09 
 
 
476 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  61.09 
 
 
476 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  60.86 
 
 
476 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  61.09 
 
 
476 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  61.09 
 
 
476 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  61.22 
 
 
471 aa  533  1e-150  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  50.66 
 
 
419 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  49.67 
 
 
426 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  49.78 
 
 
418 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  50.22 
 
 
415 aa  391  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  50 
 
 
428 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  52.51 
 
 
436 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  53.55 
 
 
424 aa  387  1e-106  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  53.92 
 
 
417 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  49.77 
 
 
417 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  50.24 
 
 
406 aa  363  3e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  48.87 
 
 
487 aa  351  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  52.8 
 
 
425 aa  346  6e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  52.99 
 
 
323 aa  330  2e-89  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  43.61 
 
 
305 aa  252  1e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  43.8 
 
 
328 aa  250  4e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  40.37 
 
 
416 aa  232  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  37.95 
 
 
417 aa  226  9e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  39.47 
 
 
417 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  39.45 
 
 
416 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  34.04 
 
 
338 aa  186  9e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  36.14 
 
 
329 aa  178  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  34.99 
 
 
311 aa  176  9e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  35.85 
 
 
324 aa  172  7.999999999999999e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  34.09 
 
 
373 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  35.25 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  33.16 
 
 
727 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  35.25 
 
 
327 aa  163  7e-39  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  32.47 
 
 
331 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 
657 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
318 aa  147  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  32.51 
 
 
350 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
329 aa  141  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  31.18 
 
 
336 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  32.6 
 
 
320 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  31.09 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  31.23 
 
 
350 aa  133  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  39.53 
 
 
438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  35.48 
 
 
437 aa  126  6e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  36.27 
 
 
467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  31.22 
 
 
352 aa  119  9e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.2 
 
 
451 aa  116  7.999999999999999e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  28.53 
 
 
495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  29.7 
 
 
350 aa  114  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  31.43 
 
 
460 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  31.43 
 
 
460 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  33.81 
 
 
423 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  32.13 
 
 
456 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  32.13 
 
 
456 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5352  DNA-cytosine methyltransferase  31.76 
 
 
444 aa  103  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
423 aa  103  8e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  26.84 
 
 
368 aa  101  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  26.8 
 
 
313 aa  101  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  32.82 
 
 
413 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  25.75 
 
 
404 aa  99.4  1e-19  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  26.12 
 
 
313 aa  95.9  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  31.33 
 
 
334 aa  95.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.35 
 
 
435 aa  94.7  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  26.18 
 
 
389 aa  94.7  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  27.35 
 
 
308 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  28.23 
 
 
427 aa  93.6  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  31.16 
 
 
454 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  31.16 
 
 
414 aa  92  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0452  DNA-cytosine methyltransferase  24.46 
 
 
392 aa  91.3  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0206606  hitchhiker  0.00155723 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  25.07 
 
 
348 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  28.35 
 
 
386 aa  89.7  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  29.52 
 
 
406 aa  89.4  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  32.18 
 
 
483 aa  89.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  32 
 
 
239 aa  89  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  31.37 
 
 
400 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2854  DNA-cytosine methyltransferase  25.73 
 
 
372 aa  86.3  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.73 
 
 
388 aa  85.9  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  26.93 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4756  DNA-cytosine methyltransferase  25.75 
 
 
375 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0971048 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 
446 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  26.34 
 
 
328 aa  82.4  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0056  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  48.51 
 
 
88 aa  82.8  0.00000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  26.18 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  25.92 
 
 
490 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  31.98 
 
 
671 aa  80.1  0.00000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.84 
 
 
357 aa  80.1  0.00000000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3572  DNA-cytosine methyltransferase  32.08 
 
 
370 aa  79  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  unclonable  0.0000000000674254  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  25.18 
 
 
389 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  28.17 
 
 
379 aa  77  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  24.68 
 
 
335 aa  76.6  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>