More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3369 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  96.64 
 
 		 298 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  97.21 
 
 		 289 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  97.56 
 
 		 289 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 		 299 aa  475  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  82.82 
 
 		 293 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  81.79 
 
 		 293 aa  454  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 295 aa  268  8e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 287 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 287 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 283 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 291 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  42.55 
 
 		 286 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 288 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 286 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 286 aa  185  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 292 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 287 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 314 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  35.38 
 
 		 318 aa  148  9e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 290 aa  146  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.86 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  38.4 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  32.95 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.94 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 326 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  35.4 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.92 
 
 		 314 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>