More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2126 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2126  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 130 aa  263  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.158455  hitchhiker  0.000014394 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5303  endoribonuclease  62.4 
 
 		 126 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5212  putative endoribonuclease L-PSP  62.4 
 
 		 126 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.36615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0170  endoribonuclease L-PSP  62.4 
 
 		 126 aa  167  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0281593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4391  endoribonuclease L-PSP  64 
 
 		 126 aa  167  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0665991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5351  endoribonuclease L-PSP  61.6 
 
 		 126 aa  166  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120193  normal  0.233615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0072  endoribonuclease L-PSP, putative  62.4 
 
 		 126 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5552  endoribonuclease L-PSP  60 
 
 		 126 aa  163  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0208  YjgF-like protein  60 
 
 		 126 aa  158  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6115  hypothetical protein  59.2 
 
 		 126 aa  158  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70480  hypothetical protein  58.4 
 
 		 126 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  61.6 
 
 		 126 aa  153  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02800  Endoribonuclease L-PSP family protein  57.94 
 
 		 127 aa  153  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140231  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2441  endoribonuclease L-PSP  59.06 
 
 		 127 aa  152  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0333  putative endoribonuclease L-PSP  55.74 
 
 		 127 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3500  putative endoribonuclease L-PSP  54.03 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0051  endoribonuclease L-PSP  59.68 
 
 		 128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0885  YjgF-like protein  54.69 
 
 		 129 aa  144  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3880  putative endoribonuclease L-PSP  55.74 
 
 		 127 aa  143  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.196354  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3184  endoribonuclease L-PSP, putative  55.56 
 
 		 126 aa  143  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0263  YjgF-like protein  55.65 
 
 		 127 aa  142  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.668867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0968  putative endoribonuclease L-PSP  53.49 
 
 		 130 aa  142  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18464  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2024  endoribonuclease L-PSP, putative  55.91 
 
 		 128 aa  140  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3698  peptidase S1C, Do  54.4 
 
 		 127 aa  140  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.239756 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3436  YjgF-like protein  53.23 
 
 		 127 aa  140  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0355  endoribonuclease L-PSP  51.2 
 
 		 127 aa  140  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3633  putative endoribonuclease L-PSP  54.03 
 
 		 127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280207  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0362  putative endoribonuclease L-PSP  53.28 
 
 		 127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4584  endoribonuclease L-PSP  52.89 
 
 		 127 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0241713  unclonable  0.0000000230833 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1215  YjgF-like protein  57.14 
 
 		 128 aa  137  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00156  Endoribonuclease L-PSP family protein  53.12 
 
 		 128 aa  136  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  52.34 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1989  hypothetical protein  54.55 
 
 		 128 aa  135  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  52.8 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0637  putative endoribonuclease L-PSP  52.8 
 
 		 128 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1984  hypothetical protein  54.55 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2150  YjgF-like protein  54.84 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0350  putative endoribonuclease L-PSP  50.78 
 
 		 128 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3616  putative endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 127 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0327  putative endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 127 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.701439  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3813  putative endoribonuclease L-PSP  53.23 
 
 		 127 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.805449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0358  endoribonuclease L-PSP, putative  52.42 
 
 		 127 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0360  endoribonuclease L-PSP  52.42 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000617851 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4387  putative endoribonuclease L-PSP  51.59 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0350  putative endoribonuclease L-PSP  52.42 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.039857  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0352  putative endoribonuclease L-PSP  52.42 
 
 		 127 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.249855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0357  putative endoribonuclease L-PSP  51.61 
 
 		 127 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00527339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02363  endoribonuclease L-PSP, putative  51.24 
 
 		 126 aa  124  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4974  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 129 aa  123  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3257  endoribonuclease L-PSP  48.03 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0470  endoribonuclease L-PSP  56 
 
 		 126 aa  120  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.720081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2006  YjgF-like protein  44.8 
 
 		 126 aa  120  7e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.011339 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1726  endoribonuclease L-PSP  44 
 
 		 126 aa  120  9e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.622366 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0574  putative endoribonuclease L-PSP  43.41 
 
 		 131 aa  117  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000328511  hitchhiker  0.00876549 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1799  endoribonuclease L-PSP  46.03 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1053  endoribonuclease L-PSP  51.22 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000107956 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  43.9 
 
 		 129 aa  115  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1873  translation initiation inhibitor  45.24 
 
 		 151 aa  114  5e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.595446  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1777  translation initiation inhibitor  50.41 
 
 		 148 aa  113  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00398011  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3210  endoribonuclease L-PSP  51.22 
 
 		 127 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000188329  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2283  endoribonuclease L-PSP  48.36 
 
 		 126 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000755149  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  46.4 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  41.27 
 
 		 127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  43.33 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0410  putative endoribonuclease L-PSP  49.59 
 
 		 127 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000330558  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0733  endoribonuclease L-PSP  45.53 
 
 		 128 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  46.55 
 
 		 126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  42.62 
 
 		 126 aa  110  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  47.54 
 
 		 131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  51.72 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  46.09 
 
 		 135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1664  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 124 aa  108  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  43.7 
 
 		 124 aa  107  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0558  endoribonuclease L-PSP  44.53 
 
 		 130 aa  107  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0908554  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1694  putative endoribonuclease L-PSP  47.41 
 
 		 124 aa  107  8.000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  45.69 
 
 		 125 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0566  endoribonuclease L-PSP, putative  46.34 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0720  endoribonuclease L-PSP  46.34 
 
 		 129 aa  106  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181894  hitchhiker  0.000000890707 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2314  YjgF-like protein  44.72 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  44.83 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1443  YjgF-like protein  48.28 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00280255  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0939  endoribonuclease L-PSP  41.38 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.445862  normal  0.428403 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1220  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 126 aa  104  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000020508  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1265  endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 124 aa  104  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  43.8 
 
 		 129 aa  104  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0942  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 128 aa  104  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  47.83 
 
 		 124 aa  103  6e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  39.67 
 
 		 125 aa  103  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  43.09 
 
 		 132 aa  103  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0631  putative endoribonuclease L-PSP  40.48 
 
 		 136 aa  103  9e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  43.86 
 
 		 123 aa  103  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  42.97 
 
 		 130 aa  103  9e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  43.18 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  48.28 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  48.28 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 125 aa  103  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  42.4 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  43.31 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  44.26 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>