More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4245 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  81.51 
 
 		 247 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  81.51 
 
 		 247 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  79.66 
 
 		 236 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  79.66 
 
 		 236 aa  367  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  80.58 
 
 		 249 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  72.57 
 
 		 244 aa  344  8e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  75.64 
 
 		 232 aa  344  8e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  74.36 
 
 		 232 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  74.36 
 
 		 232 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  73.93 
 
 		 232 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  73.25 
 
 		 239 aa  337  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  69.7 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 238 aa  307  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 238 aa  306  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  68.12 
 
 		 238 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60.44 
 
 		 234 aa  259  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  53.71 
 
 		 237 aa  235  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  51.95 
 
 		 235 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 232 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  50.86 
 
 		 237 aa  229  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  49.57 
 
 		 238 aa  228  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  50.86 
 
 		 237 aa  228  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  50.43 
 
 		 237 aa  226  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 237 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  50.21 
 
 		 236 aa  224  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 235 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  52.65 
 
 		 235 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 237 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  53.1 
 
 		 235 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  49.8 
 
 		 246 aa  221  8e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 236 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 242 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.74 
 
 		 229 aa  218  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 244 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 236 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 236 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 242 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  48.7 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  51.07 
 
 		 252 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 245 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 		 236 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 262 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 236 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  48.68 
 
 		 237 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 236 aa  208  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 234 aa  207  9e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.3 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.42 
 
 		 248 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  45.22 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3065  DNA-binding response regulator  45.49 
 
 		 237 aa  205  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00140102  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 231 aa  205  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.78 
 
 		 234 aa  205  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4408  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0763742 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  44.2 
 
 		 236 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 234 aa  201  7e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  45 
 
 		 248 aa  201  8e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 234 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0097  hypothetical protein  46.49 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0268047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.08 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 245 aa  199  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  46.67 
 
 		 228 aa  198  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000001291  hitchhiker  0.0000698043 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  47.66 
 
 		 243 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  46.55 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  46.55 
 
 		 288 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  46.55 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  46.19 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2734  two component transcriptional regulator  46.75 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.86 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.86 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  46.19 
 
 		 239 aa  195  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  46.03 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  46.03 
 
 		 241 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  46.03 
 
 		 241 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1826  DNA-binding transcriptional regulator RstA  43.98 
 
 		 248 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.494249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>