More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2206 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  56.15 
 
 		 237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  51.01 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  49.39 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  51.59 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 244 aa  224  9e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  49.39 
 
 		 239 aa  222  4e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  49.8 
 
 		 240 aa  221  8e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 238 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 232 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 		 232 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  48.74 
 
 		 238 aa  215  7e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.78 
 
 		 247 aa  214  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  49.19 
 
 		 247 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  49.16 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.75 
 
 		 234 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  43.67 
 
 		 248 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  51.42 
 
 		 249 aa  205  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  43.28 
 
 		 235 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  44.17 
 
 		 238 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  43.7 
 
 		 235 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  41.77 
 
 		 237 aa  192  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 237 aa  192  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 237 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  41.77 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  40.51 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  40.08 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 235 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  43.39 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  41.25 
 
 		 244 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  40.51 
 
 		 236 aa  185  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  43.15 
 
 		 235 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.15 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  43.15 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  40.74 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 229 aa  181  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  38.75 
 
 		 237 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0097  hypothetical protein  43.27 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0268047  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 232 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  38.21 
 
 		 234 aa  178  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  39.02 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.58 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  39.17 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  39.17 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 233 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  38.75 
 
 		 234 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  42.44 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  41 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  39.75 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  39.75 
 
 		 279 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 233 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 236 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 236 aa  168  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 236 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 		 242 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  40.34 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  38.62 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  39.58 
 
 		 254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  39.58 
 
 		 254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  38.62 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  40.34 
 
 		 243 aa  165  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 232 aa  164  8e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  39.17 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  38.68 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  36.29 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  39.24 
 
 		 288 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  38.02 
 
 		 248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  38.66 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  39.24 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  39.24 
 
 		 240 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  35.86 
 
 		 226 aa  162  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000001291  hitchhiker  0.0000698043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  40.66 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>