More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3974 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  84.13 
 
 		 212 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 205 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  77.4 
 
 		 206 aa  337  8e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  76.44 
 
 		 207 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  76.44 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  66.83 
 
 		 208 aa  297  9e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  66.83 
 
 		 208 aa  297  9e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  66.35 
 
 		 208 aa  293  9e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 208 aa  274  7e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 207 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  61.84 
 
 		 207 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 236 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  58.49 
 
 		 207 aa  258  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  58.02 
 
 		 207 aa  256  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  55.29 
 
 		 209 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  55.29 
 
 		 209 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 207 aa  224  8e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  54.33 
 
 		 207 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  54.33 
 
 		 207 aa  216  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.27 
 
 		 208 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 204 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 213 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  44.02 
 
 		 204 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 232 aa  168  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  39.91 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 204 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  39.15 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  40.19 
 
 		 209 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  38.68 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.38 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  35.81 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  35.81 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  36.67 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 209 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  36.67 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  35.81 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  34.3 
 
 		 210 aa  142  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  36.23 
 
 		 204 aa  141  7e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.75 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  35.75 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.75 
 
 		 210 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 210 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 210 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 210 aa  138  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  34.93 
 
 		 214 aa  134  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 212 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 203 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.01 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  35.96 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  34.1 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  34.1 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 213 aa  126  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.2 
 
 		 212 aa  126  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  34.36 
 
 		 199 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  33.49 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  32.54 
 
 		 214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  34.63 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  124  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  34.15 
 
 		 214 aa  124  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  34.63 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.87 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  34.63 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  34.63 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  33.97 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  34.63 
 
 		 214 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  32.37 
 
 		 227 aa  123  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  31.31 
 
 		 220 aa  123  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>