More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3004 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3004  peptidase S15  100 
 
 		 282 aa  562  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0110068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1279  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  31.99 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000359236  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0601  dienelactone hydrolase  33.98 
 
 		 259 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0085  hypothetical protein  28.32 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.720281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1578  dienelactone hydrolase  30.54 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0508  Dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase -like protein  35.93 
 
 		 348 aa  94  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3263  hypothetical protein  95.35 
 
 		 95 aa  91.7  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00781588 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0891  alpha/beta hydrolase fold  32.71 
 
 		 274 aa  86.3  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17390  hypothetical protein  28.51 
 
 		 268 aa  85.5  9e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2582  peptidase S15  28.51 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0212  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  27.71 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1150  dienelactone hydrolase  24.02 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0457  Lysophospholipase-like protein  28.82 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0081  hydrolase, alpha/beta fold family  34.68 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.221816  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0426  hypothetical protein  30.93 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.814085  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0031  alpha/beta fold family hydrolase  34.68 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1417  peptidase S15  40.77 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2237  hypothetical protein  31.38 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2537  alpha/beta hydrolase fold  30.12 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5227  hypothetical protein  29 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.335555 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1206  OsmC family protein  28.29 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.423514  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0798  hydrolase, putative  37.84 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1592  peptidase S15  38.69 
 
 		 580 aa  63.9  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000232254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7018  OsmC family protein  29.18 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716876 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0391  peptidase S15  27.16 
 
 		 668 aa  62.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3465  peptidase S15  34.25 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4503  peptidase S15  27.06 
 
 		 667 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0323  alpha/beta hydrolase  33.59 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323866  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0582  E3 binding domain protein  34.71 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2376  putative redox protein  27.56 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1199  alpha/beta hydrolase fold  29.82 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4103  OsmC family protein  28.95 
 
 		 402 aa  59.7  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2712  peptidase S15  31.87 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.85912  decreased coverage  0.0000621665 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3021  peptidase S15  31.97 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0322  dipeptidylaminopeptidase/acylaminoacyl- peptidase-like protein  22.22 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000337661  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1673  OsmC-like protein  28.06 
 
 		 409 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1857  3-oxoadipate enol-lactonase  30.43 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115671  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1762  alpha/beta fold family hydrolase  31.08 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000326151  normal  0.089199 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2249  peptidase S15  35.17 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000310265  normal  0.111012 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3303  fermentation/respiration switch protein  31.08 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000661178  hitchhiker  0.000575901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3152  fermentation/respiration switch protein  31.08 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2478  hypothetical protein  33.9 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.991617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2852  alpha/beta hydrolase fold  31.2 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.142259  normal  0.522222 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3671  alpha/beta hydrolase fold  35.71 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.416177 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2168  hypothetical protein  30.95 
 
 		 498 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.79256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5571  OsmC family protein  29.02 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0439292 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6422  peptidase S15  27.06 
 
 		 667 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0843885  normal  0.16357 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0941  OsmC family protein  29.5 
 
 		 409 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.3755  normal  0.451532 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3290  fermentation/respiration switch protein  31.08 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.110403  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4048  OsmC family protein  23.89 
 
 		 415 aa  57.8  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000134708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6851  ABC-type multidrug transport system ATPase component-like protein  33.12 
 
 		 866 aa  58.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3320  putative hydrolase  27.47 
 
 		 261 aa  57  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.859437  normal  0.797481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3633  OsmC-like protein  27.82 
 
 		 406 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08460  putative hydrolase, CocE/NonD family  31.34 
 
 		 673 aa  57  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.8708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0963  alpha/beta hydrolase fold protein  26.91 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0623938  hitchhiker  0.00346396 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0234  alpha/beta hydrolase fold protein  31.65 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.104073 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3027  ABC transporter related  31.29 
 
 		 1010 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0527794  hitchhiker  0.00388212 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0819  hypothetical protein  26.45 
 
 		 253 aa  57  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2913  hydrolase CocE/NonD family protein  31.94 
 
 		 677 aa  56.6  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355315  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3763  peptidase S15  29.3 
 
 		 667 aa  56.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3502  esterase/lipase/thioesterase family protein  31.92 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6158  peptidase S15  32.81 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1911  hydrolase of the alpha/beta superfamily protein  26.96 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0630248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2184  peptidase S15  27.73 
 
 		 665 aa  55.8  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.173724 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3195  hypothetical protein  31.03 
 
 		 451 aa  55.8  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4372  alpha/beta hydrolase fold  31.25 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6845  hypothetical protein  33.88 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0890  protein of unknown function DUF1100, hydrolase family protein  28.18 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.712139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1585  dienelactone hydrolase  26.45 
 
 		 323 aa  55.8  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.144212  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12698  hypothetical protein  24.68 
 
 		 405 aa  55.1  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0765  fermentation/respiration switch protein  31.25 
 
 		 414 aa  55.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3036  hypothetical protein  29.3 
 
 		 667 aa  55.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2922  putative lipoprotein  25.2 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434521 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1202  hypothetical protein  33.06 
 
 		 306 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1972  alpha/beta hydrolase fold  36.08 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0542244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0908  peptidase S15  29.49 
 
 		 680 aa  55.5  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3344  hypothetical protein  29.68 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00702344 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2741  hypothetical protein  34.19 
 
 		 498 aa  54.7  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0597  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  33.59 
 
 		 412 aa  53.5  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.458805  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1680  dipeptidyl-peptidase  25.36 
 
 		 670 aa  53.5  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1200  putative redox protein  26.74 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000020196 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0965  fermentation/respiration switch protein  28.66 
 
 		 415 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22440  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  34.19 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0583  dipeptidyl aminopeptidase/acylaminoacyl-peptidase-like protein  33.59 
 
 		 412 aa  53.5  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1306  hypothetical protein  25.23 
 
 		 280 aa  53.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0352  fermentation/respiration switch protein  31.5 
 
 		 414 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0348  fermentation/respiration switch protein  31.5 
 
 		 414 aa  53.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0359  fermentation/respiration switch protein  31.5 
 
 		 414 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000175577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0367  fermentation/respiration switch protein  31.5 
 
 		 414 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0357  fermentation/respiration switch protein  31.5 
 
 		 414 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0979  OsmC family protein  30.61 
 
 		 418 aa  53.1  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4521  alpha/beta hydrolase fold  27.08 
 
 		 270 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8503  putative lipoprotein  35.51 
 
 		 276 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3976  dienelactone hydrolase  30 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00234  fermentation/respiration switch protein  32.28 
 
 		 414 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3368  protein of unknown function DUF1100 hydrolase family protein  32.28 
 
 		 414 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00237  hypothetical protein  32.28 
 
 		 414 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0271  fermentation/respiration switch protein  32.28 
 
 		 414 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0293  fermentation/respiration switch protein  32.28 
 
 		 414 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072363 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2349  peptidase S15  35.96 
 
 		 690 aa  52.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>