232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0678 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007969  Pcryo_0405  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  83.91 
 
 
452 aa  746    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0202053  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0333  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  72.04 
 
 
451 aa  652    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0678  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  100 
 
 
450 aa  906    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232179  normal  0.0587875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0076  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  67.71 
 
 
449 aa  622  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00450378  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1176  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.1 
 
 
464 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3444  NCS1 nucleoside transporter family  32.66 
 
 
507 aa  200  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000477865  normal  0.0865773 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2959  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.35 
 
 
468 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0262  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  29.8 
 
 
468 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  28.96 
 
 
515 aa  170  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4536  NCS1 nucleoside transporter family  30.78 
 
 
533 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854613  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  30.22 
 
 
499 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0676  NCS1 nucleoside transporter  28.89 
 
 
486 aa  158  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.579692  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0222  NCS1 nucleoside transporter  28.69 
 
 
509 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  27.93 
 
 
492 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  28.27 
 
 
517 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5168  NCS1 nucleoside transporter family  28.84 
 
 
524 aa  152  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0338  NCS1 nucleoside transporter  28.48 
 
 
496 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  29.23 
 
 
503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2210  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.6 
 
 
502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  29.78 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  28.38 
 
 
490 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4351  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  28.21 
 
 
490 aa  147  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  27.54 
 
 
502 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  26.95 
 
 
502 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  27.95 
 
 
503 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  27.54 
 
 
502 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2834  NCS1 nucleoside transporter  27.51 
 
 
482 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  27.54 
 
 
502 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  27.62 
 
 
503 aa  143  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3440  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.57 
 
 
494 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.709152  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  28.15 
 
 
502 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2039  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  25.62 
 
 
516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0859563  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  26.98 
 
 
502 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  26.98 
 
 
502 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4265  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.29 
 
 
503 aa  141  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4336  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.3 
 
 
516 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269962  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4030  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.3 
 
 
516 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0915622  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  27.48 
 
 
502 aa  139  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3494  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.3 
 
 
516 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000614437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  28.57 
 
 
497 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3875  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.92 
 
 
510 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.245681  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3911  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.49 
 
 
499 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.971412  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2101  NCS1 nucleoside transporter family  27.99 
 
 
500 aa  136  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3174  NCS1 nucleoside transporter  30.27 
 
 
499 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.22 
 
 
505 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4309  NCS1 nucleoside transporter  27.45 
 
 
510 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747865  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3636  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.51 
 
 
510 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1558  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  27.45 
 
 
510 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462684  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  27.41 
 
 
496 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1756  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.17 
 
 
514 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  27.41 
 
 
496 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1778  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.27 
 
 
506 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.99 
 
 
488 aa  127  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1837  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.32 
 
 
500 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.524757  normal  0.0916284 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.53 
 
 
483 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3170  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.07 
 
 
536 aa  124  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185762  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0335  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.1 
 
 
483 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0968  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.78 
 
 
489 aa  123  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.553781  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.15 
 
 
522 aa  123  8e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5371  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  28.76 
 
 
484 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.583261  normal  0.663394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5091  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  27.97 
 
 
483 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415087  normal  0.0197454 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.33 
 
 
490 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1918  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.89 
 
 
503 aa  121  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05790  putative transporter  26.33 
 
 
496 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0774  NCS1 nucleoside transporter family protein  25 
 
 
494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182472 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0932  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  26.9 
 
 
517 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0546  putative transporter  26.11 
 
 
496 aa  120  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3413  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.15 
 
 
569 aa  120  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5237  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.27 
 
 
543 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111402  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  26.88 
 
 
487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1836  NCS1 nucleoside transporter family protein  27.15 
 
 
487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4033  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.98 
 
 
497 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4150  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.07 
 
 
494 aa  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0472  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.21 
 
 
478 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4869  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.95 
 
 
518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4958  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  24.95 
 
 
518 aa  116  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2764  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  28.66 
 
 
517 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.63902 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06230  putative permease  26.57 
 
 
575 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1280  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.32 
 
 
483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0582  putative permease  26.32 
 
 
575 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3769  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.1 
 
 
547 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0075  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25 
 
 
485 aa  111  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.82012  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2027  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.15 
 
 
515 aa  110  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0913  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.94 
 
 
486 aa  110  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0230  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.69 
 
 
486 aa  109  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.239977 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1814  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.56 
 
 
522 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.627915  normal  0.010101 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1431  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.88 
 
 
486 aa  109  1e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1298  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.93 
 
 
496 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0843718  normal  0.321021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3531  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.48 
 
 
483 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0866  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.61 
 
 
494 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1871  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  24.9 
 
 
483 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5845  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.4 
 
 
499 aa  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3935  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  25.12 
 
 
497 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461112  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2759  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  26.21 
 
 
457 aa  106  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3578  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  27.43 
 
 
486 aa  106  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1110  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  23.66 
 
 
494 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.852121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0898  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  24.41 
 
 
493 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2680  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  23.66 
 
 
494 aa  105  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0268197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1056  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  23.66 
 
 
494 aa  105  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1098  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  25.12 
 
 
514 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.286175  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>