More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3853 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3853  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
213 aa  423  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00256154  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2002  lysine exporter protein LysE/YggA  37.98 
 
 
208 aa  143  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.272931  normal  0.707068 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3964  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43.24 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0364  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
203 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0589  LysE family translocator protein  40.38 
 
 
204 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.327685  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0774  LysE type translocator  40.38 
 
 
204 aa  137  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0494  LysE family protein  40.38 
 
 
204 aa  137  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0605  LysE family translocator protein  40.38 
 
 
204 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  40.39 
 
 
217 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5581  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  41.67 
 
 
212 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0334  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
204 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0532  lysine exporter protein LysE/YggA  38.97 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.101376  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6113  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.588565  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2169  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2783  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407704  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2900  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.96 
 
 
209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.297506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0208  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.88 
 
 
211 aa  132  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5273  lysine exporter protein LysE/YggA  36.23 
 
 
210 aa  132  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.452488  normal  0.071325 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3591  lysine exporter protein LysE/YggA  36.98 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5436  lysine exporter protein LysE/YggA  36.98 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2794  lysine exporter protein LysE/YggA  38.03 
 
 
204 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.31715 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2383  lysine exporter protein LysE/YggA  38.61 
 
 
217 aa  131  6.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77882  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2843  lysine exporter protein LysE/YggA  37.56 
 
 
204 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2701  lysine exporter protein LysE/YggA  37.56 
 
 
204 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.224581 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4659  lysine exporter protein LysE/YggA  37.5 
 
 
208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.80151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  34.83 
 
 
211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3704  lysine exporter protein LysE/YggA  37.5 
 
 
208 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.326067  normal  0.173855 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  34.83 
 
 
211 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1442  lysine exporter protein LysE/YggA  39 
 
 
217 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.754857 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2405  lysine exporter protein LysE/YggA  36.98 
 
 
208 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2711  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.68 
 
 
210 aa  128  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.223328  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5030  lysine exporter protein LysE/YggA  36.84 
 
 
242 aa  127  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778866  normal  0.678911 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0073  transporter transmembrane protein  36 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163554  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1927  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.11 
 
 
199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1886  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  43.01 
 
 
214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.259351  normal  0.142425 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4996  lysine exporter protein LysE/YggA  34.62 
 
 
243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.53634 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  36.98 
 
 
208 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0893485  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6476  lysine exporter protein LysE/YggA  36.32 
 
 
211 aa  125  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.772782 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1609  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.44 
 
 
210 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127652  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.23 
 
 
208 aa  125  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3353  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.48 
 
 
218 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3676  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.98 
 
 
218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6008  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.5 
 
 
208 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.435355 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6435  lysine exporter protein LysE/YggA  34.58 
 
 
212 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6503  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.54 
 
 
210 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3865  lysine exporter protein LysE/YggA  35.18 
 
 
210 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.149729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1558  hypothetical protein  43.41 
 
 
206 aa  124  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0827  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.64 
 
 
210 aa  124  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.282435 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4686  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.56 
 
 
216 aa  124  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.990518 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0024  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.3 
 
 
208 aa  124  9e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2300  lysine exporter protein LysE/YggA  38.21 
 
 
208 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.735083  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.1 
 
 
208 aa  124  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2025  lysine exporter protein LysE/YggA  38.21 
 
 
208 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.464731  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0604  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.56 
 
 
204 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0141585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2243  amino acid efflux pump, RhtB family protein  36.5 
 
 
208 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810397  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0757  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.33 
 
 
288 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.935383  normal  0.0580671 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2313  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.21 
 
 
208 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00564099  hitchhiker  0.00590082 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3344  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  40.56 
 
 
210 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240621 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1160  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.5 
 
 
207 aa  123  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000397574  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0130  LysE family protein  34.33 
 
 
211 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0905  hypothetical protein  37.5 
 
 
208 aa  122  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.772442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0556  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.61 
 
 
208 aa  122  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3921  lysine exporter protein LysE/YggA  34.13 
 
 
210 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2073  lysine exporter protein LysE/YggA  38.21 
 
 
208 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106619  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3551  lysine exporter protein LysE/YggA  34.11 
 
 
210 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3652  amino acid transporter LysE  34.78 
 
 
210 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0913574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2555  lysine exporter protein LysE/YggA  36.45 
 
 
210 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1992  lysine exporter protein LysE/YggA  36.19 
 
 
206 aa  122  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2255  lysine exporter protein LysE/YggA  34.78 
 
 
210 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674089 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2950  LysE family protein  39.44 
 
 
194 aa  121  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1522  LysE family protein  39.44 
 
 
194 aa  121  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0068  LysE family protein  39.44 
 
 
194 aa  121  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3099  LysE family protein  39.44 
 
 
194 aa  121  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1350  amino acid efflux pump, RhtB family protein  33.65 
 
 
210 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641415  normal  0.0201928 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0582  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.67 
 
 
211 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0426675 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3365  lysine exporter protein LysE/YggA  35.81 
 
 
211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2583  hypothetical protein  36.14 
 
 
208 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.258371  normal  0.140618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2078  lysine exporter protein LysE/YggA  34.3 
 
 
213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0992  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.33 
 
 
232 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2266  lysine exporter protein LysE/YggA  33.82 
 
 
211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228935  hitchhiker  0.000000285135 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4385  lysine exporter protein LysE/YggA  33.17 
 
 
234 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.648074  normal  0.231735 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3931  amino acid transporter LysE  35.12 
 
 
213 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5270  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.17 
 
 
210 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.912842 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2818  lysine exporter protein LysE/YggA  35.5 
 
 
210 aa  118  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.657708 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8095  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.27 
 
 
225 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4405  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.74 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0300  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.14 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0798  lysine exporter protein LysE/YggA  35.12 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1795  lysine exporter protein LysE/YggA  36.97 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003307  putative threonine efflux protein  35.41 
 
 
208 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0839  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.31 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.889262  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4218  L-lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.5 
 
 
212 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4114  amino acid efflux pump, RhtB family protein  37.56 
 
 
204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0823  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.32 
 
 
208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000549104  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0836  lysine exporter protein LysE/YggA  37.44 
 
 
207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>