More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2809 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  53.99 
 
 
639 aa  685  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  53.35 
 
 
636 aa  699  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  55.06 
 
 
646 aa  745  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  100 
 
 
707 aa  1462  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  70.38 
 
 
639 aa  966  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  53.35 
 
 
636 aa  701  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  53.35 
 
 
636 aa  701  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  52.58 
 
 
640 aa  707  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  54.15 
 
 
639 aa  687  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  53.35 
 
 
636 aa  700  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  53.83 
 
 
636 aa  697  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  53.51 
 
 
649 aa  695  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  49.29 
 
 
662 aa  671  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  54.98 
 
 
646 aa  738  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  54.49 
 
 
651 aa  746  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  53.19 
 
 
639 aa  689  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  53.35 
 
 
636 aa  700  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  54.14 
 
 
634 aa  691  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  53.98 
 
 
634 aa  690  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  55.02 
 
 
634 aa  714  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  54.31 
 
 
636 aa  707  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  54.15 
 
 
636 aa  705  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  56.63 
 
 
647 aa  763  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  54.15 
 
 
636 aa  704  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  54.43 
 
 
644 aa  734  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  54.14 
 
 
634 aa  692  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  54.31 
 
 
636 aa  708  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  46.53 
 
 
664 aa  576  1e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  45.21 
 
 
674 aa  576  1e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  45.41 
 
 
640 aa  572  1e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2424  helicase c2  45.25 
 
 
669 aa  572  1e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2413  helicase c2  45.41 
 
 
669 aa  573  1e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0561182  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  44.9 
 
 
659 aa  573  1e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  44.9 
 
 
659 aa  574  1e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  44.85 
 
 
640 aa  574  1e-162  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  44.46 
 
 
641 aa  571  1e-161  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2081  ATP-dependent helicase DinG  45.02 
 
 
633 aa  570  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2532  helicase c2  45.09 
 
 
640 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  45.72 
 
 
651 aa  563  1e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  44.04 
 
 
646 aa  564  1e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  44.71 
 
 
641 aa  561  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  45.08 
 
 
641 aa  552  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  43.42 
 
 
645 aa  552  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  44.71 
 
 
644 aa  549  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  43.94 
 
 
658 aa  544  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  42.47 
 
 
743 aa  535  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  44.43 
 
 
629 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  42.86 
 
 
754 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  43.45 
 
 
725 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  43.58 
 
 
725 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  43.99 
 
 
665 aa  532  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  43.13 
 
 
643 aa  525  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  42.4 
 
 
668 aa  526  1e-148  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  43.03 
 
 
713 aa  523  1e-147  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  43.55 
 
 
652 aa  525  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  43.69 
 
 
652 aa  525  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  41.95 
 
 
653 aa  519  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  44.29 
 
 
645 aa  521  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  40.08 
 
 
755 aa  512  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  2.63353e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  42.52 
 
 
641 aa  514  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  42.52 
 
 
641 aa  514  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  43.49 
 
 
649 aa  510  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  43.01 
 
 
757 aa  508  1e-142  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  3.48035e-07 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  39.69 
 
 
751 aa  507  1e-142  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1795  helicase c2  39.97 
 
 
749 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.54 
 
 
641 aa  505  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  44.59 
 
 
755 aa  504  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6284  helicase c2  39.97 
 
 
749 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.27054  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1967  ATP-dependent helicase  42.95 
 
 
675 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  41.95 
 
 
664 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5096  helicase c2  40.67 
 
 
748 aa  501  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.334397 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1819  helicase c2  40.14 
 
 
749 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.414686 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1901  helicase c2  42.95 
 
 
675 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2207  putative ATP-dependent helicase  43.68 
 
 
749 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  41.93 
 
 
681 aa  496  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  42.13 
 
 
675 aa  494  1e-138  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  40.73 
 
 
658 aa  484  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  41.05 
 
 
649 aa  480  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  40.61 
 
 
636 aa  479  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  39.15 
 
 
660 aa  472  1e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2005  putative ATP-dependent DNA helicase-related protein  39.88 
 
 
666 aa  466  1e-130  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.349435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  38.79 
 
 
646 aa  456  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  37.19 
 
 
674 aa  444  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  40.09 
 
 
670 aa  441  1e-122  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  38.08 
 
 
668 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  38.44 
 
 
685 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2617  helicase c2  38.54 
 
 
668 aa  425  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.203354  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  37.99 
 
 
714 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3499  helicase c2  37.24 
 
 
724 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.285018  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  37.44 
 
 
631 aa  392  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  36.83 
 
 
633 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  37.18 
 
 
633 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  36.23 
 
 
635 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  33.98 
 
 
636 aa  367  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1900  helicase c2  36.53 
 
 
688 aa  364  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>