More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5375 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  58.98 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2803  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.692324  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2531  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.629256  normal  0.926867 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 341 aa  199  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  39 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1666  gp58  34.78 
 
 		 384 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000292793  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.2 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2716  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.12 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.45 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  34.93 
 
 		 339 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  169  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 305 aa  169  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1086  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 320 aa  167  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.157723  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.47 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.59 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2779  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4044  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.832658 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0800  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.82 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.71 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 326 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.69 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>