More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2013 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2013  putative periplasmic protease  100 
 
 
348 aa  712  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0439516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2314  putative periplasmic protease  98.28 
 
 
348 aa  702  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1926  putative periplasmic protease  84.77 
 
 
348 aa  597  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2166  putative periplasmic protease  84.2 
 
 
348 aa  596  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0622193  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2659  putative periplasmic protease  77.87 
 
 
348 aa  541  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0477819  unclonable  2.88065e-08 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2306  putative periplasmic protease  75.29 
 
 
348 aa  538  1e-152  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1925  putative periplasmic protease  75.29 
 
 
348 aa  538  1e-152  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0571162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2036  putative periplasmic protease  75.29 
 
 
348 aa  538  1e-152  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.210716  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2198  putative periplasmic protease  69.25 
 
 
347 aa  457  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.53353e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01248  predicted inner membrane peptidase  65.9 
 
 
349 aa  446  1e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.57179  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1381  putative periplasmic protease  66.19 
 
 
349 aa  447  1e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1859  putative periplasmic protease  65.9 
 
 
349 aa  446  1e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  1.40347e-14 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2377  Peptidase S49 domain protein  65.9 
 
 
349 aa  446  1e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00026529  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1904  putative periplasmic protease  65.9 
 
 
349 aa  446  1e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  1.80069e-08 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2356  putative periplasmic protease  66.19 
 
 
349 aa  447  1e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  hitchhiker  3.87336e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1471  putative periplasmic protease  65.62 
 
 
349 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.251936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1496  putative periplasmic protease  65.62 
 
 
349 aa  442  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1906  putative periplasmic protease  67.05 
 
 
348 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.37079e-13 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1612  putative periplasmic protease  67.05 
 
 
348 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17623e-10 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1848  putative periplasmic protease  67.05 
 
 
348 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.805473  normal  0.10396 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1430  putative periplasmic protease  67.05 
 
 
348 aa  440  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.28088  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1843  putative periplasmic protease  66.76 
 
 
348 aa  439  1e-122  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.383e-07 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003018  SohB protein peptidase U7 family  56.94 
 
 
353 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.39e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2119  putative periplasmic protease  56.48 
 
 
337 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.82338e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0578  putative periplasmic protease  58.07 
 
 
353 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.8636e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1161  putative periplasmic protease  55.81 
 
 
353 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1193  putative periplasmic protease  56.81 
 
 
349 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0841  putative periplasmic protease  55.23 
 
 
347 aa  375  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0227554  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2570  putative periplasmic protease  50.44 
 
 
336 aa  372  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2903  putative periplasmic protease  50.72 
 
 
343 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.80746e-07  normal  0.0386673 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2471  putative periplasmic protease  52.94 
 
 
337 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.73214e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02863  putative periplasmic protease  55.52 
 
 
353 aa  363  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1694  putative periplasmic protease  53.66 
 
 
343 aa  360  2e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0077753  normal  0.738833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1972  putative periplasmic protease  52.3 
 
 
349 aa  356  3e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114164  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01896  putative periplasmic protease  50.89 
 
 
340 aa  353  3e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000105224  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1651  putative periplasmic protease  52.16 
 
 
342 aa  352  6e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.59076e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1530  putative periplasmic protease  51.87 
 
 
338 aa  349  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.34628e-08  unclonable  7.65641e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2181  putative periplasmic protease  54.01 
 
 
344 aa  348  9e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2394  putative periplasmic protease  52.16 
 
 
338 aa  345  7e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.16852e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2407  putative periplasmic protease  54.18 
 
 
343 aa  344  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.70796e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2692  putative periplasmic protease  52.71 
 
 
338 aa  343  3e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.60799e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1536  putative periplasmic protease  51.87 
 
 
338 aa  337  2e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.29962e-06  unclonable  2.62337e-05 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2016  putative periplasmic protease  48.33 
 
 
365 aa  337  2e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  4.38973e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1470  putative periplasmic protease  51.9 
 
 
338 aa  337  2e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.01356e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2933  putative periplasmic protease  52.45 
 
 
338 aa  335  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1530  putative periplasmic protease  53.55 
 
 
353 aa  335  7e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  2.85162e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1674  putative periplasmic protease  52.48 
 
 
330 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.78362e-06  hitchhiker  0.00314277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2790  putative periplasmic protease  51.59 
 
 
338 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1118e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3556  putative periplasmic protease  50.14 
 
 
339 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.132568  normal  0.518214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2713  putative periplasmic protease  51.59 
 
 
338 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.22492e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3114  putative periplasmic protease  50.14 
 
 
340 aa  331  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0953569  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1913  putative periplasmic protease  49.71 
 
 
339 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.786378  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3211  putative periplasmic protease  50.43 
 
 
339 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.888582  normal  0.61318 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3922  putative periplasmic protease  49.43 
 
 
339 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113918  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1707  putative periplasmic protease  51.92 
 
 
347 aa  325  7e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.122025 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1726  putative periplasmic protease  48.97 
 
 
338 aa  325  1e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0461  putative periplasmic protease  48.67 
 
 
338 aa  323  2e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27550  putative periplasmic protease  52.4 
 
 
342 aa  323  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1759  peptidase S49  50.43 
 
 
356 aa  320  3e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.257491  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2460  putative periplasmic protease  48.1 
 
 
340 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0165849  hitchhiker  0.0077968 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1605  putative periplasmic protease  50 
 
 
334 aa  315  5e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.741471  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3463  putative periplasmic protease  48.98 
 
 
341 aa  312  6e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145757  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40840  putative periplasmic protease  48.98 
 
 
341 aa  311  8e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1897  Peptidase S49 domain protein  51.99 
 
 
347 aa  310  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0973  putative periplasmic protease  50.15 
 
 
334 aa  310  3e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1088  putative periplasmic protease  50.15 
 
 
334 aa  310  3e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0917  putative periplasmic protease  48.67 
 
 
312 aa  309  4e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2728  peptidase, U7 family  47.81 
 
 
340 aa  308  7e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0886  putative periplasmic protease  48.08 
 
 
312 aa  305  6e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0102  putative periplasmic protease  48.36 
 
 
335 aa  298  1e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2629  putative periplasmic protease  47.58 
 
 
333 aa  297  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.751964  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0843  putative periplasmic protease  47.46 
 
 
325 aa  296  4e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2530  putative periplasmic protease  48.54 
 
 
339 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.322286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1938  putative periplasmic protease  54.55 
 
 
349 aa  285  6e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0332  putative periplasmic protease  46.94 
 
 
332 aa  285  7e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1202  putative periplasmic protease  52.11 
 
 
324 aa  284  1e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.0260504 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1184  putative periplasmic protease  57.85 
 
 
326 aa  277  2e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.084263  normal  0.0267663 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0992  putative periplasmic protease  52.72 
 
 
332 aa  268  1e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0462132  unclonable  6.96502e-10 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_4014  predicted protein  51.39 
 
 
216 aa  204  2e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.545391  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_5654  predicted protein  49.54 
 
 
234 aa  195  1e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.221345  normal  0.32323 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_5396  predicted protein  45.45 
 
 
165 aa  130  4e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.751288  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3424  peptidase S49  35.55 
 
 
286 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0909  peptidase S49  35.16 
 
 
364 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0531296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3297  peptidase S49  36.45 
 
 
286 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623968  normal  0.49449 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3105  peptidase S49  34.6 
 
 
286 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0974  peptidase S49  34.25 
 
 
364 aa  99.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0652949 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00860  ClpP class periplasmic serine protease  35.39 
 
 
300 aa  98.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2153  peptidase S49  40.37 
 
 
285 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.156713  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1376  peptidase S49  37.5 
 
 
295 aa  97.1  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.972193  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13521  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  31.71 
 
 
269 aa  93.2  7e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1873  peptidase S49  31.56 
 
 
349 aa  92.8  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2757  peptidase S49  34.62 
 
 
287 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0510  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.35 
 
 
596 aa  91.3  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1223  signal peptide peptidase SppA, 67K type  34.71 
 
 
590 aa  91.3  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  3.75913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2771  signal peptide peptidase SppA, 36K type  35.29 
 
 
584 aa  91.3  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4371  peptidase S49  33.01 
 
 
287 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.27 
 
 
335 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3597  signal peptide peptidase SppA, 67K type  31.2 
 
 
640 aa  90.5  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1434  peptidase S49  30.92 
 
 
552 aa  90.5  4e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13731  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  32.39 
 
 
269 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>