More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0986 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  100 
 
 		 244 aa  504  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  98.77 
 
 		 244 aa  499  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  79.17 
 
 		 244 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  72.36 
 
 		 247 aa  374  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  72.36 
 
 		 247 aa  374  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  72.36 
 
 		 247 aa  374  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 252 aa  272  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  51.22 
 
 		 258 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 243 aa  268  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  54.51 
 
 		 257 aa  262  3e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  52.7 
 
 		 268 aa  262  3e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  54.1 
 
 		 257 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  54.1 
 
 		 257 aa  259  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  54.1 
 
 		 257 aa  259  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  54.1 
 
 		 257 aa  259  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.69 
 
 		 257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.69 
 
 		 257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.69 
 
 		 257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.69 
 
 		 257 aa  258  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  51.27 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  51.69 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.28 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.28 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.28 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.28 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  53.28 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  51.26 
 
 		 257 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  50 
 
 		 255 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 256 aa  241  7e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  48.72 
 
 		 255 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  48.97 
 
 		 258 aa  209  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.97 
 
 		 258 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.97 
 
 		 258 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.97 
 
 		 258 aa  209  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  48.97 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  48.97 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.97 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  49.38 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  48.35 
 
 		 258 aa  208  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.5 
 
 		 258 aa  205  4e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.71 
 
 		 259 aa  205  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.31 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  44.72 
 
 		 258 aa  201  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.12 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.31 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.31 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  45.31 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  46.5 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  37.45 
 
 		 249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  37.45 
 
 		 249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  37.45 
 
 		 249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  37.45 
 
 		 249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  39.91 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  37.78 
 
 		 253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 255 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  41.98 
 
 		 255 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 250 aa  148  7e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 269 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  36.45 
 
 		 240 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  38.39 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  37.21 
 
 		 245 aa  138  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0787  GntR domain protein  40.31 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.812552  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  39.15 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  39.15 
 
 		 249 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  36.45 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  36.45 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  35.32 
 
 		 247 aa  134  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  39.19 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  37.74 
 
 		 233 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  36.74 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1542  GntR domain-containing protein  38.01 
 
 		 244 aa  131  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.408327  normal  0.0313462 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  36.13 
 
 		 253 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 265 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  36.57 
 
 		 246 aa  129  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 258 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0743  GntR domain-containing protein  39.13 
 
 		 286 aa  128  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  37.74 
 
 		 233 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  38.16 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  38.16 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  38.16 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  36.45 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 251 aa  125  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1834  GntR domain-containing protein  34.93 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.048736 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01468  putative regulatory protein, GntR family  37.67 
 
 		 243 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  36.65 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  37.7 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  33.75 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  33.75 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  33.75 
 
 		 255 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  34.87 
 
 		 253 aa  121  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  34.03 
 
 		 253 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  35.59 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  35.71 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>