More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0347 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 339 aa  705    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  97.35 
 
 		 339 aa  691    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  83.48 
 
 		 339 aa  605  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  82.6 
 
 		 339 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  77.58 
 
 		 347 aa  551  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  64.97 
 
 		 335 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  64.07 
 
 		 338 aa  460  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.64 
 
 		 331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  33 
 
 		 326 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0089  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.82 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  30.91 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.93 
 
 		 334 aa  168  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0134  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.13 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.118856 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.13 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000945493 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.13 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.13 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.13 
 
 		 334 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.31 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3550  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.1 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00081  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3520  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0086  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0082  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3577  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0073  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0088  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.936017 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00080  hypothetical protein  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0085  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.83 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.33 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  33.12 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  33.12 
 
 		 336 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.17 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.93 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.17 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.79 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.33 
 
 		 329 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.43 
 
 		 331 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  30.13 
 
 		 334 aa  153  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.89 
 
 		 330 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  30.15 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  28.16 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  29.73 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.06 
 
 		 354 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  28.09 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.06 
 
 		 331 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.06 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  28.04 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.72 
 
 		 331 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2649  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.77 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.30336  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  29.28 
 
 		 412 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  27.71 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  28.77 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  28.98 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.67 
 
 		 335 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 336 aa  125  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  30.16 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  27.62 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.3 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7379  transcriptional regulator LacI family  26.87 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144359  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  24.04 
 
 		 332 aa  123  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.88 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.68 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.19 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.44 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  30.65 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.95 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  26.32 
 
 		 346 aa  120  3e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  30.77 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  30.65 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  23.8 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  29.18 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3700  LacI family transcription regulator  29.41 
 
 		 337 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3435  regulatory protein, LacI  29.41 
 
 		 354 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101905 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0707  RegM family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000462743  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  23.49 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  26.36 
 
 		 338 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.04 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  29.13 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  23.49 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  28.83 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  28.94 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  24.32 
 
 		 332 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.75 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.73 
 
 		 340 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  29.07 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  26.33 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>