180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_1725 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  100 
 
 
337 aa  690    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  41.85 
 
 
334 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  40.84 
 
 
334 aa  271  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  42.39 
 
 
334 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  42.39 
 
 
335 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  43.43 
 
 
329 aa  268  1e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  40.72 
 
 
334 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  43.62 
 
 
334 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  42.73 
 
 
327 aa  263  4e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  40.65 
 
 
333 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  41.57 
 
 
331 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000576654  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  44.79 
 
 
328 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  39.14 
 
 
329 aa  246  4.9999999999999997e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  37.88 
 
 
325 aa  233  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778027  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  41.96 
 
 
351 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  41.21 
 
 
351 aa  225  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  41.41 
 
 
351 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  41.41 
 
 
351 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  37.76 
 
 
326 aa  222  7e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  37.76 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  42.26 
 
 
355 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.76 
 
 
326 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  36.39 
 
 
346 aa  212  9e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  38.14 
 
 
327 aa  211  1e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  38.14 
 
 
327 aa  210  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  38.93 
 
 
349 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  41.02 
 
 
345 aa  209  8e-53  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  34.83 
 
 
349 aa  204  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  39.12 
 
 
324 aa  203  3e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  38.82 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  39.58 
 
 
329 aa  200  3e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  37.74 
 
 
327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  33.92 
 
 
347 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  39.65 
 
 
352 aa  194  2e-48  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  35.29 
 
 
354 aa  193  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.46 
 
 
327 aa  192  6e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  35.48 
 
 
329 aa  191  1e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  35.71 
 
 
368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  34.32 
 
 
368 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  32.7 
 
 
357 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  34.87 
 
 
376 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  31.11 
 
 
357 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1513  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25 
 
 
370 aa  56.6  0.0000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.702789 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2115  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  24 
 
 
360 aa  53.5  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2364  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  53.1  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0278  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  53.1  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1140  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  53.1  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2544  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  53.1  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3291  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.21 
 
 
365 aa  53.1  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3396  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3389  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0735578  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1257  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.72 
 
 
386 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4010  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.58 
 
 
381 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3354  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.65 
 
 
383 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  22.03 
 
 
392 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1796  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.03 
 
 
370 aa  51.6  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.334328  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  32.5 
 
 
213 aa  51.6  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2545  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.25 
 
 
384 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0689  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.33 
 
 
383 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2037  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.89 
 
 
359 aa  50.8  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1753  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.89 
 
 
359 aa  50.4  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0601571  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  24.82 
 
 
362 aa  50.8  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2686  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.92 
 
 
381 aa  49.7  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.541362  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  25.38 
 
 
371 aa  49.3  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.273783  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2723  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.72 
 
 
370 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0963  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  24.48 
 
 
367 aa  48.9  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.410035  normal  0.0653928 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02368  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.63 
 
 
369 aa  48.9  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00392033  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4516  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  21.52 
 
 
372 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00203713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3784  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.13 
 
 
383 aa  48.1  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0214  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.13 
 
 
391 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0698  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.13 
 
 
391 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2557  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  22.99 
 
 
370 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.74343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.31 
 
 
358 aa  47.8  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.760596 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.69 
 
 
352 aa  47.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000793578  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1555  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  31.58 
 
 
341 aa  47.8  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.168737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0665  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.13 
 
 
391 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0591  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.37 
 
 
384 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2905  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.57 
 
 
357 aa  47.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000328107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0617  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.37 
 
 
389 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.452305  normal  0.496257 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2022  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.85 
 
 
367 aa  47.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.339115  normal  0.173824 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.58 
 
 
370 aa  47.8  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.389674 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3358  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  22.7 
 
 
376 aa  47  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.125199  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2227  thiamine biosynthesis protein ThiI  26.94 
 
 
484 aa  47  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0860245  normal  0.512375 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0710  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.42 
 
 
341 aa  46.6  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2967  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  22.69 
 
 
370 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.775442  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1206  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.08 
 
 
361 aa  46.6  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00578978  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3579  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.12 
 
 
370 aa  46.6  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.93999  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2388  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.27 
 
 
395 aa  46.2  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.183005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3190  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.57 
 
 
376 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127789  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3596  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.29 
 
 
374 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.05 
 
 
484 aa  46.2  0.0009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0720  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  21.52 
 
 
372 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.295443  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4243  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  21.02 
 
 
371 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0829  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.87 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0242691  normal  0.504253 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1492  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.7 
 
 
375 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.132482  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0680  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.87 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0599  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  28.97 
 
 
383 aa  45.4  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.27457  normal  0.481972 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3413  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.88 
 
 
370 aa  44.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.599463  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1683  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.13 
 
 
383 aa  44.7  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.438884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1720  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.17 
 
 
371 aa  45.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>