125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3402 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  100 
 
 
334 aa  684    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  87.72 
 
 
334 aa  614  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  79.94 
 
 
334 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  75.45 
 
 
334 aa  535  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  75.68 
 
 
334 aa  533  1e-150  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  60.18 
 
 
335 aa  419  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  51.5 
 
 
333 aa  347  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  45.58 
 
 
351 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  47.92 
 
 
351 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  44.67 
 
 
351 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  44.67 
 
 
351 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  43.94 
 
 
355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  43.96 
 
 
327 aa  270  2e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  43.62 
 
 
337 aa  265  1e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  43.16 
 
 
329 aa  262  8e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  43.41 
 
 
328 aa  258  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  39.07 
 
 
354 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  39.26 
 
 
346 aa  245  9e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  41.25 
 
 
347 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  38.55 
 
 
326 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  38.25 
 
 
326 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  42.42 
 
 
329 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  44.08 
 
 
349 aa  232  7.000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  43.23 
 
 
327 aa  231  1e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  43.23 
 
 
327 aa  231  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  39.38 
 
 
331 aa  227  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000576654  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  39.43 
 
 
325 aa  224  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778027  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  44.64 
 
 
368 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  42.86 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  48.22 
 
 
329 aa  222  6e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  45.05 
 
 
368 aa  222  7e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  37.96 
 
 
326 aa  218  8.999999999999998e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  41.61 
 
 
327 aa  218  8.999999999999998e-56  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  38.37 
 
 
345 aa  218  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  39.48 
 
 
327 aa  215  8e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  39.13 
 
 
324 aa  209  4e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  41.34 
 
 
352 aa  208  9e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  44.57 
 
 
327 aa  208  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  43.08 
 
 
376 aa  205  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.73 
 
 
329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  37.87 
 
 
349 aa  189  5e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  47 
 
 
357 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  30 
 
 
212 aa  53.9  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  32.61 
 
 
362 aa  53.1  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.67 
 
 
380 aa  52.8  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.84 
 
 
352 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000793578  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1772  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.08 
 
 
348 aa  51.2  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0277772  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0953  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.47 
 
 
358 aa  50.4  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.61 
 
 
400 aa  50.4  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.79 
 
 
398 aa  50.4  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.79 
 
 
385 aa  50.4  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000091055  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2569  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  33.59 
 
 
353 aa  50.1  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  33.33 
 
 
213 aa  50.1  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0710  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.71 
 
 
341 aa  49.7  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0722  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  33.59 
 
 
359 aa  48.5  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.161158  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1718  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  31.11 
 
 
367 aa  48.9  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.530012  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl584  thiamin biosynthesis protein  30.46 
 
 
400 aa  48.5  0.0002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.662181  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.37 
 
 
368 aa  47.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003729 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0766  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.79 
 
 
367 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0406399  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1784  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  31.06 
 
 
368 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.397888  hitchhiker  0.0072174 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0737  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyltransferase  25.6 
 
 
353 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3579  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.91 
 
 
370 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.93999  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.6 
 
 
371 aa  47.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.273783  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1976  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.77 
 
 
359 aa  47.4  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.91 
 
 
392 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0417  thiamine biosynthesis protein ThiI  24.58 
 
 
515 aa  47  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000383743  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1771  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.87 
 
 
407 aa  47  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13040  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  35 
 
 
367 aa  47.4  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.4029e-26  decreased coverage  0.000450672 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1806  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.87 
 
 
407 aa  47  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3596  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.24 
 
 
374 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1712  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.15 
 
 
360 aa  46.6  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00334808  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1493  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.52 
 
 
478 aa  46.2  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0341854  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0817  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  30.53 
 
 
382 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.866621  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0981  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.8 
 
 
355 aa  45.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.561547 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2037  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.3 
 
 
359 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1753  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.3 
 
 
359 aa  45.4  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0601571  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1279  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.87 
 
 
407 aa  45.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0186014  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1521  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34.07 
 
 
389 aa  45.1  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.6216  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0792  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.14 
 
 
381 aa  45.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.548786  normal  0.639266 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1683  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.69 
 
 
383 aa  44.7  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.438884  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2244  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.01 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0451  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.66 
 
 
407 aa  45.1  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  25.76 
 
 
484 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0367  hypothetical protein  24.68 
 
 
404 aa  45.1  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0130  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.41 
 
 
389 aa  45.1  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00491755  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3619  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.7 
 
 
374 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313741  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0689  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.65 
 
 
343 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1372  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.81 
 
 
404 aa  44.3  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000114319  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl412  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.17 
 
 
374 aa  44.7  0.003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.933743  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0877  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34.07 
 
 
383 aa  44.7  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.322756  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2785  thiamine biosynthesis protein ThiI  24.12 
 
 
484 aa  44.3  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22936  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1327  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  28.95 
 
 
398 aa  44.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0906618  normal  0.041643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2272  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  28.57 
 
 
362 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000706888 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3542  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.38 
 
 
349 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26980  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.41 
 
 
393 aa  44.3  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.121036  normal  0.93751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1942  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.95 
 
 
372 aa  44.3  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.925496  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0721  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.51 
 
 
402 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  29.87 
 
 
387 aa  43.9  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2766  thiamine biosynthesis protein ThiI  24.12 
 
 
485 aa  43.9  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3265  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.78 
 
 
390 aa  43.9  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000350835 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>