135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0434 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  100 
 
 
334 aa  686    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  87.72 
 
 
334 aa  614  1e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  80.84 
 
 
334 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  76.35 
 
 
334 aa  545  1e-154  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  76.58 
 
 
334 aa  543  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  62.57 
 
 
335 aa  436  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  50 
 
 
333 aa  346  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  49.52 
 
 
351 aa  279  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  43.22 
 
 
355 aa  277  2e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  48.56 
 
 
351 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  48.56 
 
 
351 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  47.88 
 
 
351 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  42.68 
 
 
327 aa  275  7e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  44.07 
 
 
329 aa  268  1e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  40.72 
 
 
337 aa  265  1e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  42.77 
 
 
328 aa  263  4e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  40.82 
 
 
354 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  39.53 
 
 
346 aa  252  6e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  40.52 
 
 
347 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  44.3 
 
 
327 aa  242  5e-63  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  44.85 
 
 
349 aa  242  5e-63  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  44.3 
 
 
327 aa  242  7e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  37.76 
 
 
326 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  37.46 
 
 
326 aa  239  4e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  41.23 
 
 
329 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  40.31 
 
 
331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000576654  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  42.86 
 
 
329 aa  229  5e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  40.2 
 
 
327 aa  228  1e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  46.89 
 
 
368 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  41.79 
 
 
368 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  42.63 
 
 
327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  40.25 
 
 
357 aa  224  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.73 
 
 
326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  38.82 
 
 
345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  40.85 
 
 
327 aa  219  6e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  37.42 
 
 
325 aa  218  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778027  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  38.31 
 
 
324 aa  211  1e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  36.9 
 
 
329 aa  206  4e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  40.94 
 
 
376 aa  205  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  40.28 
 
 
352 aa  204  1e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  35.98 
 
 
349 aa  200  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  35.99 
 
 
357 aa  177  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  33.33 
 
 
362 aa  53.1  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  30.67 
 
 
212 aa  53.1  0.000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1772  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.08 
 
 
348 aa  52.4  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0277772  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.65 
 
 
352 aa  51.2  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000793578  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2569  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34.38 
 
 
353 aa  50.4  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0953  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  31.25 
 
 
358 aa  50.4  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.97 
 
 
400 aa  48.9  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  33.33 
 
 
213 aa  48.9  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.33 
 
 
380 aa  49.3  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.11 
 
 
368 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003729 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1493  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.67 
 
 
478 aa  48.1  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0341854  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0710  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.89 
 
 
341 aa  48.1  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1718  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.37 
 
 
367 aa  47.8  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.530012  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3579  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.91 
 
 
370 aa  47.8  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.93999  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  32.84 
 
 
371 aa  47.8  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.273783  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0722  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  32.56 
 
 
359 aa  47.8  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.161158  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.45 
 
 
398 aa  47.4  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0981  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  32.54 
 
 
355 aa  47.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.561547 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.45 
 
 
385 aa  47.4  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000091055  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1976  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.77 
 
 
359 aa  47.4  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3596  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.83 
 
 
374 aa  47  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0766  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.21 
 
 
367 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0406399  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.12 
 
 
392 aa  46.6  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0721  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.19 
 
 
402 aa  46.6  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13040  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34.4 
 
 
367 aa  46.6  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.4029e-26  decreased coverage  0.000450672 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02368  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.7 
 
 
369 aa  46.6  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00392033  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2244  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.53 
 
 
359 aa  46.2  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3542  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  23.98 
 
 
349 aa  46.2  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0902  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.17 
 
 
484 aa  46.2  0.0009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0463  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.76 
 
 
392 aa  45.8  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0417  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.86 
 
 
515 aa  45.8  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000383743  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2891  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.25 
 
 
482 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3108  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.17 
 
 
483 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3070  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.17 
 
 
483 aa  45.4  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3250  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.17 
 
 
483 aa  45.4  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3418  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.52 
 
 
374 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1784  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  31.82 
 
 
368 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.397888  hitchhiker  0.0072174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3268  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.75 
 
 
355 aa  45.4  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0175326  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0817  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  28.48 
 
 
382 aa  45.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.866621  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2272  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  27.82 
 
 
362 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000706888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0689  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  29.08 
 
 
343 aa  45.1  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1509  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  30.22 
 
 
357 aa  44.7  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.291939  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2037  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.85 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1753  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.85 
 
 
359 aa  45.1  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0601571  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2785  thiamine biosynthesis protein ThiI  26.13 
 
 
484 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22936  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0963  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  26.21 
 
 
367 aa  44.7  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.410035  normal  0.0653928 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0130  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.89 
 
 
389 aa  45.1  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00491755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4014  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.85 
 
 
374 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.152317  normal  0.181813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1033  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.37 
 
 
482 aa  44.7  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1683  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.66 
 
 
383 aa  44.3  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.438884  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3082  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.89 
 
 
482 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.884917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  27.27 
 
 
484 aa  44.3  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0367  hypothetical protein  25.97 
 
 
404 aa  44.7  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2399  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.31 
 
 
370 aa  44.3  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00300816  normal  0.0915996 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1819  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.85 
 
 
374 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2572  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.03 
 
 
349 aa  44.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3278  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.17 
 
 
482 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3619  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.85 
 
 
374 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313741  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>