More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00420 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_00420  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  100 
 
 
489 aa  934  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.736839  normal  0.251816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5276  proline-specific permease proY  51.14 
 
 
458 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4834  amino acid permease-associated region  50.91 
 
 
458 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.558883 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0583  amino acid permease-associated region  48.67 
 
 
495 aa  429  1e-119  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0404374 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  50 
 
 
467 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0433  amino acid permease-associated region  51.95 
 
 
467 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.537388  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  50 
 
 
467 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2091  amino acid permease-associated region  51.02 
 
 
455 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180943  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5081  amino acid permease-associated region  51.26 
 
 
467 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0324065  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4320  amino acid transporter  51.87 
 
 
455 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.619853  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1212  amino acid permease-associated region  51.4 
 
 
455 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0732  amino acid permease-associated region  51.4 
 
 
455 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486551  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67310  putative amino acid permease  50.44 
 
 
467 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0458  amino acid permease-associated region  50.8 
 
 
457 aa  416  1e-115  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.518173  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1095  amino acid permease-associated region  51.15 
 
 
455 aa  418  1e-115  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.212668  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3101  putative proline-specific permease  48.86 
 
 
450 aa  416  1e-115  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0369  amino acid permease-associated region  48.77 
 
 
504 aa  416  1e-115  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1185  amino acid permease-associated region  51.17 
 
 
455 aa  418  1e-115  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.199623  normal  0.379883 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1095  amino acid permease-associated region  51.15 
 
 
455 aa  417  1e-115  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0467  amino acid transporter  50.34 
 
 
454 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00613549  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1381  amino acid transporter  50.34 
 
 
454 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1774  amino acid permease  50.34 
 
 
454 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.186196  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0685  amino acid transporter  50.34 
 
 
454 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0485493  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1516  amino acid permease  50.34 
 
 
454 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1185  amino acid transporter  50.34 
 
 
454 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.374645  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2854  amino acid permease  50 
 
 
454 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0237037  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1385  amino acid transporter  50.34 
 
 
454 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351329  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0905  amino acid permease-associated region  47.88 
 
 
460 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269998  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0834  amino acid permease-associated region  49.41 
 
 
460 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0803  amino acid permease-associated region  47.14 
 
 
463 aa  408  1e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0480085  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1013  putative proline-specific permease  47.61 
 
 
458 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3297  putative proline-specific permease  47.7 
 
 
458 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3372  amino acid permease-associated region  49.3 
 
 
463 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.249173 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4136  amino acid permease family protein  47.38 
 
 
472 aa  401  1e-110  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210777  normal  0.0802051 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01910  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  47.13 
 
 
488 aa  401  1e-110  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4084  amino acid permease family protein  47.38 
 
 
467 aa  400  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0078  amino acid permease-associated region  47.38 
 
 
467 aa  400  1e-110  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5046  histidine transport protein  49.77 
 
 
474 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.926717 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5638  amino acid permease-associated region  48.98 
 
 
460 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24773  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2910  putative proline-specific permease  46.35 
 
 
459 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1046  putative proline-specific permease  43.99 
 
 
468 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3282  putative proline-specific permease  44.85 
 
 
463 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0197243 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0458  putative proline-specific permease  44.44 
 
 
476 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3272  putative proline-specific permease  44.62 
 
 
463 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0439  putative proline-specific permease  44.44 
 
 
476 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.37513  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0870  putative proline-specific permease  45.06 
 
 
456 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0445  putative proline-specific permease  44.22 
 
 
476 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0439  putative proline-specific permease  44.44 
 
 
476 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3132  putative proline-specific permease  44.85 
 
 
464 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0500  putative proline-specific permease  44.22 
 
 
476 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.968025  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  42.55 
 
 
468 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  43.62 
 
 
459 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0665  amino acid permease-associated region  41.89 
 
 
459 aa  365  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  40.43 
 
 
462 aa  365  1e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  42.66 
 
 
462 aa  361  2e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.67644e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0321  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.498957  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0472  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3207  amino acid permease-associated region  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.168679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0433  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
458 aa  360  3e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0432  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0479  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.339066  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00350  predicted cryptic proline transporter  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00354  hypothetical protein  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3231  putative proline-specific permease  43.33 
 
 
457 aa  360  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  unclonable  9.34301e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  45.22 
 
 
471 aa  357  2e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  43.27 
 
 
471 aa  356  4e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  43.46 
 
 
473 aa  356  5e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  41.49 
 
 
464 aa  355  9e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  43.48 
 
 
472 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  43.48 
 
 
472 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  43.25 
 
 
472 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  43.58 
 
 
472 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  40.23 
 
 
467 aa  351  1e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  40.04 
 
 
463 aa  350  3e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  40.04 
 
 
463 aa  350  3e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  1.7445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  40.04 
 
 
463 aa  350  3e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.4111e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  40.04 
 
 
463 aa  350  3e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  40.04 
 
 
463 aa  350  3e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.94828e-06 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  39.69 
 
 
463 aa  350  4e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  4.33182e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  40.27 
 
 
463 aa  350  4e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  3.95475e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  39.69 
 
 
463 aa  347  2e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  39.69 
 
 
463 aa  347  3e-94  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  6.38139e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  39.47 
 
 
463 aa  347  3e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.66726e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31280  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  46.15 
 
 
459 aa  347  3e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  41.65 
 
 
475 aa  346  5e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2825  amino acid permease-associated region  44.66 
 
 
455 aa  346  6e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0197973  hitchhiker  0.0017398 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  39.47 
 
 
463 aa  344  2e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1665  aromatic amino acid transporter  42.82 
 
 
457 aa  342  6e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.14878e-05  normal  0.317193 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2477  amino acid permease-associated region  42.82 
 
 
457 aa  342  6e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.176999  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2381  aromatic amino acid transport protein AroP  42.82 
 
 
457 aa  342  6e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.48721e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  39.61 
 
 
461 aa  341  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  40.23 
 
 
485 aa  340  3e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1325  amino acid permease-associated region  43.32 
 
 
452 aa  340  3e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00135796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>