More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0665 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0665  amino acid permease-associated region  100 
 
 
459 aa  917    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  57.71 
 
 
468 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  58.72 
 
 
472 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  59.72 
 
 
468 aa  541  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  59.72 
 
 
468 aa  541  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  55.97 
 
 
459 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  59.95 
 
 
468 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  58.72 
 
 
472 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  59.72 
 
 
468 aa  541  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  59.72 
 
 
468 aa  541  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  59.95 
 
 
468 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  59.95 
 
 
468 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  58.98 
 
 
472 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  58.28 
 
 
472 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  55.51 
 
 
462 aa  532  1e-150  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  58.81 
 
 
473 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  57.74 
 
 
471 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  57.74 
 
 
471 aa  528  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  54.9 
 
 
463 aa  523  1e-147  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  54.9 
 
 
463 aa  521  1e-147  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  54.9 
 
 
463 aa  521  1e-147  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  54.9 
 
 
463 aa  522  1e-147  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  54.9 
 
 
463 aa  521  1e-147  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  54.9 
 
 
463 aa  521  1e-147  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  55.21 
 
 
463 aa  523  1e-147  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  55.19 
 
 
463 aa  523  1e-147  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  54.9 
 
 
463 aa  521  1e-147  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  54.47 
 
 
463 aa  518  1e-146  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  55.16 
 
 
464 aa  521  1e-146  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  54.47 
 
 
463 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  55.8 
 
 
460 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  53.48 
 
 
447 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  53.48 
 
 
447 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  53.48 
 
 
447 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  52.54 
 
 
461 aa  501  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  52.21 
 
 
461 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  55.13 
 
 
460 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  55.13 
 
 
460 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  55.13 
 
 
460 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  52.32 
 
 
485 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  51.66 
 
 
485 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  54.91 
 
 
471 aa  489  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0065  amino acid transporter  50 
 
 
463 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38933  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  51.52 
 
 
468 aa  464  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0803  amino acid permease-associated region  51.5 
 
 
463 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0480085  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0173  putative transport protein YifK  48.37 
 
 
467 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00277796  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0194  putative transport protein YifK  48.24 
 
 
463 aa  451  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5081  amino acid permease-associated region  51.03 
 
 
467 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0324065  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  49.67 
 
 
467 aa  449  1e-125  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5276  proline-specific permease proY  49.88 
 
 
458 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4021  putative transport protein YifK  48.02 
 
 
463 aa  451  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0268328  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  49.89 
 
 
475 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0524  putative transport protein YifK  48.02 
 
 
463 aa  451  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000495635  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  50.8 
 
 
467 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4834  amino acid permease-associated region  49.65 
 
 
458 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.558883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3101  putative proline-specific permease  49.56 
 
 
450 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  50.57 
 
 
467 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1046  putative proline-specific permease  51.79 
 
 
468 aa  447  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3282  putative proline-specific permease  48.79 
 
 
463 aa  443  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0197243 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3132  putative proline-specific permease  48.57 
 
 
464 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3272  putative proline-specific permease  48.57 
 
 
463 aa  442  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0433  amino acid permease-associated region  49.66 
 
 
467 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.537388  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3999  putative transport protein YifK  47.25 
 
 
463 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3297  putative proline-specific permease  49.23 
 
 
458 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3992  putative transport protein YifK  47.05 
 
 
482 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00908983  normal  0.184456 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4136  amino acid permease family protein  48.96 
 
 
472 aa  438  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210777  normal  0.0802051 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4084  amino acid permease family protein  48.96 
 
 
467 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4749  amino acid permease-associated region  52.63 
 
 
474 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.685985  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0078  amino acid permease-associated region  48.96 
 
 
467 aa  438  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3372  amino acid permease-associated region  50.82 
 
 
463 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.249173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67310  putative amino acid permease  50 
 
 
467 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2416  amino acid permease-associated region  47.32 
 
 
461 aa  429  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0618668  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0439  putative proline-specific permease  49.19 
 
 
476 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0458  putative proline-specific permease  49.19 
 
 
476 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0439  putative proline-specific permease  49.19 
 
 
476 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.37513  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0445  putative proline-specific permease  49.19 
 
 
476 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2910  putative proline-specific permease  49.3 
 
 
459 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1013  putative proline-specific permease  48.8 
 
 
458 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4318  putative transport protein YifK  46.94 
 
 
460 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0011437  normal  0.877333 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4125  putative transport protein YifK  46.85 
 
 
461 aa  425  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124535  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03674  predicted transporter  47.07 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000431202  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4180  amino acid permease-associated region  46.85 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000115482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0500  putative proline-specific permease  49.19 
 
 
476 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.968025  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4156  putative transport protein YifK  46.84 
 
 
461 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000110979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0870  putative proline-specific permease  47.36 
 
 
456 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4141  putative transport protein YifK  46.84 
 
 
461 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000118516  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4210  putative transport protein YifK  46.84 
 
 
461 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000256233  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03623  hypothetical protein  47.07 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000382279  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4309  putative transport protein YifK  46.85 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000528729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4207  putative transport protein YifK  46.85 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000449535  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4160  putative transport protein YifK  47.07 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000124284  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5229  putative transport protein YifK  46.85 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000882979  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4014  putative transport protein YifK  46.85 
 
 
461 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.1864e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0583  amino acid permease-associated region  47.81 
 
 
495 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0404374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4259  putative transport protein YifK  46.84 
 
 
461 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000481193  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2091  amino acid permease-associated region  47.86 
 
 
455 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180943  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4320  amino acid transporter  47.74 
 
 
455 aa  422  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.619853  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2854  amino acid permease  47.62 
 
 
454 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0237037  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1385  amino acid transporter  47.86 
 
 
454 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351329  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0834  amino acid permease-associated region  48.83 
 
 
460 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>