More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3372 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3372  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 463 aa  907    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  71.88 
 
 		 467 aa  653    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  71.59 
 
 		 467 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5081  amino acid permease-associated region  71.59 
 
 		 467 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0324065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0433  amino acid permease-associated region  72.1 
 
 		 467 aa  651    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.537388  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5276  proline-specific permease proY  73.6 
 
 		 458 aa  664    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4834  amino acid permease-associated region  72.71 
 
 		 458 aa  662    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.558883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0803  amino acid permease-associated region  69.91 
 
 		 463 aa  652    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0480085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0078  amino acid permease-associated region  68.42 
 
 		 467 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4136  amino acid permease family protein  68.42 
 
 		 472 aa  632  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210777  normal  0.0802051 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4084  amino acid permease family protein  68.42 
 
 		 467 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0905  amino acid permease-associated region  68.69 
 
 		 460 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0834  amino acid permease-associated region  68.24 
 
 		 460 aa  625  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67310  putative amino acid permease  69.3 
 
 		 467 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1095  amino acid permease-associated region  67.49 
 
 		 455 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1095  amino acid permease-associated region  66.82 
 
 		 455 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.212668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5046  histidine transport protein  67.18 
 
 		 474 aa  609  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.926717 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2091  amino acid permease-associated region  65.65 
 
 		 455 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2854  amino acid permease  65.69 
 
 		 454 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0237037  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4320  amino acid transporter  67.05 
 
 		 455 aa  599  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.619853  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1185  amino acid permease-associated region  67.98 
 
 		 455 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.199623  normal  0.379883 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1381  amino acid transporter  65.24 
 
 		 454 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1774  amino acid permease  65.01 
 
 		 454 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.186196  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1516  amino acid permease  64.79 
 
 		 454 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0732  amino acid permease-associated region  67.52 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486551  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0467  amino acid transporter  65.01 
 
 		 454 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00613549  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1212  amino acid permease-associated region  67.52 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1185  amino acid transporter  65.01 
 
 		 454 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.374645  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0685  amino acid transporter  65.01 
 
 		 454 aa  597  1e-169  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0485493  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1385  amino acid transporter  64.79 
 
 		 454 aa  595  1e-169  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351329  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5638  amino acid permease-associated region  67.12 
 
 		 460 aa  594  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24773  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0583  amino acid permease-associated region  63.06 
 
 		 495 aa  563  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0404374 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0369  amino acid permease-associated region  62.3 
 
 		 504 aa  544  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0458  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 476 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0439  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 476 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0458  amino acid permease-associated region  59.96 
 
 		 457 aa  535  1e-151  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.518173  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0445  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 476 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0439  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 476 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.37513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3272  putative proline-specific permease  58 
 
 		 463 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3132  putative proline-specific permease  58 
 
 		 464 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3282  putative proline-specific permease  57.78 
 
 		 463 aa  530  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0197243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0870  putative proline-specific permease  57.52 
 
 		 456 aa  528  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0500  putative proline-specific permease  57.73 
 
 		 476 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.968025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3101  putative proline-specific permease  58.54 
 
 		 450 aa  524  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1046  putative proline-specific permease  58.93 
 
 		 468 aa  521  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3297  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 458 aa  519  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2910  putative proline-specific permease  56.4 
 
 		 459 aa  519  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1013  putative proline-specific permease  57.95 
 
 		 458 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0433  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 458 aa  511  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00350  predicted cryptic proline transporter  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3207  amino acid permease-associated region  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.168679  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3231  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000934301 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0472  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0432  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0321  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.498957  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00354  hypothetical protein  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0479  putative proline-specific permease  57.08 
 
 		 457 aa  510  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  51.62 
 
 		 459 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  53.57 
 
 		 472 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  53.57 
 
 		 472 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  52.6 
 
 		 472 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0094  amino acid permease-associated region  68.1 
 
 		 353 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  53.97 
 
 		 472 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  51.21 
 
 		 460 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  53.08 
 
 		 473 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  51.56 
 
 		 468 aa  462  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  51.21 
 
 		 460 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  51.21 
 
 		 460 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  51.59 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  51.59 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  51.82 
 
 		 468 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  50.33 
 
 		 460 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  51.59 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  51.59 
 
 		 468 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  51.82 
 
 		 468 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  51.82 
 
 		 468 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  48.45 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  51.97 
 
 		 471 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31280  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  54.04 
 
 		 459 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  48.01 
 
 		 463 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  47.73 
 
 		 463 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  48.01 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  48.01 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  48.01 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  47.36 
 
 		 462 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  48.01 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  47.91 
 
 		 461 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  51.44 
 
 		 471 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  47.47 
 
 		 485 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  47.53 
 
 		 447 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  47.47 
 
 		 461 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  47.23 
 
 		 463 aa  438  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  47.53 
 
 		 447 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  47.57 
 
 		 463 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  47.53 
 
 		 447 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  47.57 
 
 		 463 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  47.35 
 
 		 463 aa  437  1e-121  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  47.35 
 
 		 463 aa  438  1e-121  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01910  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  49.22 
 
 		 488 aa  437  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  50.11 
 
 		 471 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>