More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1569 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  100 
 
 
389 aa  796  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1607  cysteine desulfurase NifS  79.38 
 
 
388 aa  648  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.76832  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  79.84 
 
 
391 aa  658  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  79.74 
 
 
391 aa  657  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  80.51 
 
 
391 aa  661  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  98.46 
 
 
389 aa  786  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  84.58 
 
 
389 aa  693  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  67.71 
 
 
393 aa  546  1e-154  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  68.85 
 
 
396 aa  537  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  64.34 
 
 
407 aa  529  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  65.62 
 
 
400 aa  520  1e-146  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  64.66 
 
 
400 aa  517  1e-145  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  64.92 
 
 
404 aa  513  1e-144  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  64.3 
 
 
400 aa  509  1e-143  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  64.16 
 
 
398 aa  509  1e-143  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  65.03 
 
 
401 aa  510  1e-143  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  65.03 
 
 
401 aa  510  1e-143  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  64.78 
 
 
394 aa  508  1e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  64.12 
 
 
402 aa  499  1e-140  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  63.87 
 
 
401 aa  498  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1507  cysteine desulfurase  63.54 
 
 
402 aa  496  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1225  cysteine desulfurase NifS  63.85 
 
 
397 aa  491  1e-138  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  9.44956e-06 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  61.78 
 
 
399 aa  489  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1515  aminotransferase, class V:aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  60.1 
 
 
404 aa  480  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.894831  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  60.73 
 
 
384 aa  479  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01630  Nitrogen fixation cysteine desulfurase, nifS  60.05 
 
 
402 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  59.48 
 
 
386 aa  475  1e-133  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0504  cysteine desulfurase NifS  58.03 
 
 
402 aa  466  1e-130  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  60.68 
 
 
400 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0688  cysteine desulfurase NifS  54.19 
 
 
388 aa  432  1e-120  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0297222  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  55.61 
 
 
400 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3620  cysteine desulfurase NifS  56.59 
 
 
400 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.190149 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3581  cysteine desulfurase NifS  60.53 
 
 
404 aa  427  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.157563  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  53.23 
 
 
388 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  53.75 
 
 
387 aa  408  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  52.97 
 
 
387 aa  407  1e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  50.52 
 
 
396 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.40569e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  55.47 
 
 
397 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5089  cysteine desulfurase NifS  54.71 
 
 
410 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  48.57 
 
 
392 aa  386  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  49.61 
 
 
398 aa  386  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.01074e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  49.74 
 
 
414 aa  385  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  5.61511e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2125  aminotransferase, class V  49.74 
 
 
398 aa  382  1e-105  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.573036  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1755  cysteine desulfurase  48.58 
 
 
398 aa  379  1e-104  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00778501  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  49.47 
 
 
394 aa  379  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  51.33 
 
 
379 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1085  aminotransferase, class V  52.89 
 
 
407 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2039  cysteine desulfurase  48.58 
 
 
398 aa  379  1e-104  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  48.56 
 
 
384 aa  378  1e-104  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  48.29 
 
 
384 aa  375  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0484  aminotransferase, class V  48.96 
 
 
417 aa  376  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0750137  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  49.35 
 
 
400 aa  377  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5907  cysteine desulfurase  54.57 
 
 
404 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469117  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0981  aminotransferase, class V  52.23 
 
 
407 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  47.31 
 
 
392 aa  368  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  49.49 
 
 
394 aa  369  1e-101  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  49.74 
 
 
404 aa  366  1e-100  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0266  hypothetical protein  48.95 
 
 
393 aa  367  1e-100  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.423514  normal  0.267621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  49.36 
 
 
398 aa  365  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  48.71 
 
 
403 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  47.91 
 
 
394 aa  367  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.84465e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1837  cysteine desulfurase NifS  48.44 
 
 
396 aa  363  3e-99  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0935929 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  46.53 
 
 
398 aa  362  5e-99  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  47.03 
 
 
402 aa  358  1e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  6.04426e-06 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1914  aminotransferase, class V  47.38 
 
 
399 aa  356  5e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2154  cysteine desulfurase, NifS family  47.77 
 
 
396 aa  354  2e-96  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  47.68 
 
 
405 aa  349  5e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0168  aminotransferase, class V  49.36 
 
 
409 aa  348  9e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.925051 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1932  cysteine desulfurase NifS  45.76 
 
 
393 aa  348  1e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000108248  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  47.52 
 
 
382 aa  348  1e-94  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  45.69 
 
 
388 aa  347  2e-94  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.31678e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3201  cysteine desulphurase  46.86 
 
 
396 aa  347  2e-94  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11568  normal  0.0184494 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2431  aminotransferase, class V  48.95 
 
 
390 aa  346  4e-94  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  45.26 
 
 
382 aa  344  1e-93  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4665  cysteine desulfurase IscS  47.53 
 
 
436 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3698  cysteine desulfurase IscS  47.53 
 
 
436 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.789582  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1104  cysteine desulfurase  47.81 
 
 
404 aa  344  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.013649  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2412  cysteine desulfurase IscS  47.53 
 
 
403 aa  343  3e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3823  cysteine desulfurase IscS  47.53 
 
 
403 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.474065 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1144  cysteine desulfurase  47.52 
 
 
407 aa  342  6e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282524  normal  0.237339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  47.34 
 
 
394 aa  341  1e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  49.22 
 
 
392 aa  340  2e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2175  aminotransferase class V  47.53 
 
 
398 aa  340  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.670004  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0365  aminotransferase class V  46.49 
 
 
401 aa  340  2e-92  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0437125  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  44.74 
 
 
403 aa  340  3e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6331  cysteine desulfurase IscS  46.75 
 
 
405 aa  339  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.134755  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2317  cysteine desulfurase  46.27 
 
 
404 aa  339  6e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.459864  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1770  NifS family cysteine desulfurase  45.93 
 
 
396 aa  339  6e-92  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.406981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3627  cysteine desulfurase  46.79 
 
 
404 aa  338  7e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0168495  normal  0.888851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0403  aminotransferase class V  49.87 
 
 
378 aa  338  7e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0637  cysteine desulfurase  47.52 
 
 
404 aa  338  8e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.273964 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2232  aminotransferase class V  46.77 
 
 
401 aa  338  8e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02422  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657115  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2815  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00976282  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02386  hypothetical protein  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1138  cysteine desulfurase IscS  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3762  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00149492  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2681  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.174524  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2905  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0404853  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2683  cysteine desulfurase  47.04 
 
 
404 aa  338  1e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980146  normal  0.976252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>