More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0093 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 490 aa  974    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  92.32 
 
 		 616 aa  840    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  57.02 
 
 		 624 aa  490  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  58.48 
 
 		 623 aa  484  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  55.78 
 
 		 625 aa  476  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  56.74 
 
 		 589 aa  455  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  52.13 
 
 		 622 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  49.21 
 
 		 609 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  32.31 
 
 		 557 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  31.79 
 
 		 557 aa  187  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  28.39 
 
 		 562 aa  169  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 		 600 aa  167  4e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  28.43 
 
 		 583 aa  164  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  29.07 
 
 		 570 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 		 575 aa  157  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  27.06 
 
 		 584 aa  154  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  30.81 
 
 		 569 aa  150  7e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 		 535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  26.2 
 
 		 590 aa  144  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  29.43 
 
 		 656 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 		 559 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 		 559 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 590 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 669 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  26.74 
 
 		 646 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  27.82 
 
 		 581 aa  131  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  27.53 
 
 		 504 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.99 
 
 		 583 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  27.29 
 
 		 504 aa  120  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  26.25 
 
 		 502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  27.23 
 
 		 524 aa  118  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  24.68 
 
 		 625 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 552 aa  114  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.58 
 
 		 472 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  28.68 
 
 		 459 aa  104  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  27.03 
 
 		 530 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.82 
 
 		 551 aa  103  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  27.13 
 
 		 424 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  23.79 
 
 		 536 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  26.8 
 
 		 530 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 		 518 aa  100  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 459 aa  99  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 437 aa  99  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  27.2 
 
 		 424 aa  97.8  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000206113  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 		 461 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  26.27 
 
 		 540 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.58 
 
 		 512 aa  92  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 426 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 		 502 aa  89  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  29.49 
 
 		 366 aa  86.3  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000530348 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  24.07 
 
 		 472 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.79 
 
 		 494 aa  83.2  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.79 
 
 		 494 aa  82.4  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.85 
 
 		 485 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  26.57 
 
 		 501 aa  82.4  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 564 aa  82  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.97 
 
 		 459 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.68 
 
 		 524 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.6 
 
 		 468 aa  81.3  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  27.99 
 
 		 618 aa  80.1  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.19 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  25.16 
 
 		 486 aa  79.7  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.19 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  32.26 
 
 		 342 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  24.7 
 
 		 548 aa  79.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  21.9 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  27.3 
 
 		 441 aa  77.4  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  25.72 
 
 		 520 aa  77  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 		 462 aa  77  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  24.36 
 
 		 556 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 		 441 aa  76.6  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.3 
 
 		 554 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  22.71 
 
 		 484 aa  75.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.92 
 
 		 487 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.36 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.49 
 
 		 515 aa  73.2  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.03 
 
 		 444 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1283  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 		 451 aa  72.4  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.340157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  24.57 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 459 aa  72  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.03 
 
 		 488 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  23.73 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  26.17 
 
 		 474 aa  70.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.33 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4370  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 		 501 aa  70.9  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2409  radical SAM domain-containing protein  29.25 
 
 		 495 aa  70.5  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.523158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  29.96 
 
 		 598 aa  70.5  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  33.77 
 
 		 631 aa  70.5  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  25.79 
 
 		 564 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  25.36 
 
 		 467 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 480 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1633  radical SAM domain-containing protein  22.68 
 
 		 369 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.806615  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  22.35 
 
 		 529 aa  68.6  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>